Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtacacgtctcttggaatttaattgtgccatgccagcaacatcaatcttacaataagtcctcaacattgtcttctatctgtttttgtgaccctggccagGCGGGAAATACTGCACAGTTATGGCTTTGAGCACATGCCCTTGTTATACAATCTGGAAAAGGCTGGCCTATTTAAGCGCCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g14654.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g14654.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G003734_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
-tgtacacgtctcttggaatttaattgtgccatgccagcaa--catcaatcttacaataagtcctcaacattgtcttctatctgtttttgtgaccctggccagGCGGGAAATACTGCACAGTTATGGCTTTGAGCACATGCCCTTGTTATACAATCTGGAAAAGGCTGGCCTATTTAAGCGCCAG
   |  | || |  | |||||||  | |   || ||||||     |  |    ||| | | ||    |     |  |   |||| |||| |    ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||| | |||
cattctatgtttgctagaatttatgttttaaattccagcatgcttttgagtgcacacttaatctgttaatccttgcttactctgctttttta---ctggctagGCGGGAGATACTTCATAGTTATGGCTTTGAGCACATGCACTTATTATACAATCTGGAGAAGGCTGGCCTTCTTAAGAGGCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|163929156|gb|EG710989.1|EG710989
EST:     CTTTCACTTACAAATGCTGGGTTGCCAAAGAAGAATTTTGACTACTTGAG                         GCGGGAAATACTGCACAGTTATGGCTTTGAGCACATGCCCTTGTTATACAA
genomic: CTTTCACTTACAAATGCTGGGTTGCCAAAGAAGAATTTTGACTACTTGAGgtatgtttat ... ccctggccagGCGGGAAATACTGCACAGTTATGGCTTTGAGCACATGCCCTTGTTATACAA
EST: gi|66928780|gb|CX115628.1|CX115628
EST:     CTTTCACTTACAAATGCTGGGTTGCCAAAGAAGAATTTTGACTACTTGAG                         GCGGGAAATACTGCACAGTTATGGCTTTGAGCACATGCCCTTGTTATACAA
genomic: CTTTCACTTACAAATGCTGGGTTGCCAAAGAAGAATTTTGACTACTTGAGgtatgtttat ... ccctggccagGCGGGAAATACTGCACAGTTATGGCTTTGAGCACATGCCCTTGTTATACAA
EST: gi|163917728|gb|EG711274.1|EG711274
EST:     CTTTCACTTACAAATGCTGGGTTGCCAAAGAAGAATTTTGACTACTTGAG                         GCGGGAAATACTGCACAGTTATGGCTTTGAGCACATGCCCTTGTTATACAA
genomic: CTTTCACTTACAAATGCTGGGTTGCCAAAGAAGAATTTTGACTACTTGAGgtatgtttat ... ccctggccagGCGGGAAATACTGCACAGTTATGGCTTTGAGCACATGCCCTTGTTATACAA
EST: gi|28298184|gb|CB238414.1|CB238414
EST:     CTTTCACTTACAAATGCTGGGTTGCCAAAGAAGAATTTTGACTACTTGAG                         GCGGGAAATACTGCACAGTTATGGCTTTGAGCACATGCCCTTGTTATACAA
genomic: CTTTCACTTACAAATGCTGGGTTGCCAAAGAAGAATTTTGACTACTTGAGgtatgtttat ... ccctggccagGCGGGAAATACTGCACAGTTATGGCTTTGAGCACATGCCCTTGTTATACAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcttacaataagtcctcaacattgtcttctatctgtttttgtgaccctggccagGCGGGAAATACTGCACAGTTATGGCTTTGAGCACATGCCCTTGTTATACAATCTGGAAAAGGCTGGCCTATTTAAGCGCCAG
 atcttac  putative branch site (score: 3)
     acaataa  TA-rich tract