1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
gtaaacctctaactatctcatctttaagagagcaagagcagttcatgcacaaggaagtttttatgggctgatctttgcccaaaaaaatgcagttagcttattcgtgaattgggatacaactctgacactattatcacctttttagGTATATGTGTGCACATGCCTTATCTCTAAGCCATCCTGGTATCAGATGTCGGTGCCTTGCAGCATATGGAGATCCAGTTAGTGCCGTGAAATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g46510.1 |
intron # | 16 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCCTTGTTGTGGTTGGTGTCAGAGATGGAGTTCTATGGCTCGTTGACAG GTATATGTGTGCACAEST: gi|58671972|gb|CK060658.1|CK060658
genomic: CCCCTTGTTGTGGTTGGTGTCAGAGATGGAGTTCTATGGCTCGTTGACAGgtaaacctct ... acctttttagGTATATGTGTGCACA
EST: CCCCTTGTTGTGGTTGGTGTCAGAGATGGAGTTCTATGGCTCGTTGACAG GTATATGTGTGCACATGCCTTATCTCTAAGCCATCCTGGTATCAGATGTCGEST: gi|88852155|gb|CI683673.1|CI683673
genomic: CCCCTTGTTGTGGTTGGTGTCAGAGATGGAGTTCTATGGCTCGTTGACAGgtaaacctct ... acctttttagGTATATGTGTGCACATGCCTTATCTCTAAGCCATCCTGGTATCAGATGTCG
EST: CCCCTTGTTGTGGTTGGTGTCAGAGATGGAGTTCTATGGCTCGTTGACAG GTATATGTGTGCACATGCCTTAEST: gi|58655020|gb|CK043700.1|CK043700
genomic: CCCCTTGTTGTGGTTGGTGTCAGAGATGGAGTTCTATGGCTCGTTGACAGgtaaacctct ... acctttttagGTATATGTGTGCACATGCCTTA
EST: GGTGTCAGAGATGGAGTTCTATGGCTCGTTGACAG GTATATGTGTGCACATGCCTTAGTCTCTAAGCCATCCTGGTATCAGATGTC
genomic: GGTGTCAGAGATGGAGTTCTATGGCTCGTTGACAGgtaaacctct ... acctttttagGTATATGTGTGCACATGCCTTA-TCTCTAAGCCATCCTGGTATCAGATGTC
agttagcttattcgtgaattgggatacaactctgacactattatcacctttttagGTATATGTGTGCACATGCCTTATCTCTAAGCCATCCTGGTATCAGATGTCGGTGCCTTGCAGCATATGGAGATCCAGTTAGTGCCGTGAAATG
ctctgac putative branch site (score: 19)
tcaccttttt putative PPT
actattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaacctctaactatctcatctttaagagagcaagagcagttcatgcacaaggaagtttttatgggctgatctttgcccaaaaaaatgcagttagcttattcgtgaattgggatacaactctgacactattatcacctttttagGTATATGTGTGCACATGCCTTATCTCTAAGCCATCCTGGTATCAGATGTCGGTGCCTTGCAGCATATGGAGATCCAGTTAGTGCCGTGAAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC