1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...tccttaatgcaaagggaattgcaagtgttctccaaattatatcctgttgatgcgagtggttttgttgattaactgatttcaaaaacgtatttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g03260.1 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88512009|gb|CI439515.1|CI439515
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88227980|gb|CI227460.1|CI227460
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|33689599|gb|CF317838.1|CF317838
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: TTGTTTGGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTNGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAEST: gi|86483623|gb|CI126256.1|CI126256
genomic: TTGTTTGGG-TGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGT-GTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAA
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGAAACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGCCAGGATGGGGTACAAGEST: gi|33822977|gb|CF337293.1|CF337293
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|12622341|gb|AU172554.1|AU172554
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88487301|gb|CI424572.1|CI424572
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTNTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|86483569|gb|CI126202.1|CI126202
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGACACAAGEST: gi|11442959|gb|BF430855.1|BF430855
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|29677182|gb|CB673457.1|CB673457
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|86493658|gb|CI136291.1|CI136291
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|29632468|gb|CB637477.1|CB637477
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGAAACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88476609|gb|CI413880.1|CI413880
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|38477001|gb|CF961134.1|CF961134
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|89188800|gb|CI048536.1|CI048536
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: ATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGGATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|58666580|gb|CK055266.1|CK055266
genomic: ATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88507627|gb|CI435133.1|CI435133
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|86503655|gb|CI146288.1|CI146288
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|86873366|gb|CI341591.1|CI341591
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88491356|gb|CI428628.1|CI428628
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: TTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGGCATGAATGAACCTATG GTGGTGTGTGTNGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAEST: gi|88221360|gb|CI221316.1|CI221316
genomic: TTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTC-GCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGT-GTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAA
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|89189883|gb|CI049422.1|CI049422
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88487742|gb|CI425013.1|CI425013
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88901886|gb|CI374494.1|CI374494
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: TTGTTTGGGTGGTCCTCAGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|38478547|gb|CF962680.1|CF962680
genomic: TTGTTTGGGTGGTCCTC-GTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88265486|gb|CI376388.1|CI376388
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: TTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGGCAGGATGGGGCACAAEST: gi|29658442|gb|CB654717.1|CB654717
genomic: TTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTC-GCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCC-GGCAGGATGGGGCACAA
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|29628819|gb|CB633830.1|CB633830
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|8528083|gb|AU092898.1|AU092898
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: GAATGAACCCTATG GTGTGTGTGTCNACGACGAAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCNCAEST: gi|29636583|gb|CB641592.1|CB641592
genomic: GAATGAA-CCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACG-AACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACA
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|89192864|gb|CI050162.1|CI050162
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88223234|gb|CI223083.1|CI223083
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|86527676|gb|CI167882.1|CI167882
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTTTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88484716|gb|CI421987.1|CI421987
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88838468|gb|CI375016.1|CI375016
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|29616438|gb|CB621450.1|CB621450
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGT--CGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|88271251|gb|CI387304.1|CI387304
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|38473459|gb|CF957591.1|CF957591
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATA GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|86426072|gb|CI071169.1|CI071169
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGEST: gi|218490400|gb|FG966882.1|FG966882
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: CTTGTATGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGAEST: gi|27921102|gb|CB096910.1|CB096910
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGA
EST: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
gttgatgcgagtggttttgttgattaactgatttcaaaaacgtatttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC
atttcaaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tccttaatgcaaagggaattgcaagtgttctccaaattatatcctgttgatgcgagtggttttgttgattaactgatttcaaaaacgtatttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - taatgca
- - - - - - - - - ttgcaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaaaac