1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' |
...tcactgtcaaagccttgagcatatctgtgacctctgcatattctcatttgtagctgtttttagctaattaattgccgttgaatgtttcatgtcttgacagGAAGCTAAAACTTCAGTTGAGATGGCTAACGAGCTAAGTAGATTCAGTGACACACCTGGAGATGCCTCCTTTGATGATTTATTCCCACCTAAGAAGCGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g56530.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGATGCTTTCAGCTTCCAGGCTGGAGGACAAAATATCAACTTCCAAAAG GAAGCTAAAACTTCAGTTGAGATGGCTAACGAGCTAAGTAGATTCAGTGACEST: gi|29622112|gb|CB627123.1|CB627123
genomic: GTGATGCTTTCAGCTTCCAGGCTGGAGGACAAAATATCAACTTCCAAAAGgtgataattt ... gtcttgacagGAAGCTAAAACTTCAGTTGAGATGGCTAACGAGCTAAGTAGATTCAGTGAC
EST: GCGATGCTTTCAGCTTCCAGGCTGGAGGACAAAATATCAACTTCCAAAAG GAAGCTAAAACTTCAGTTGAGATGGCTAACGAGCTAAGTAGATTCAGTGACEST: gi|58606869|gb|CK034902.1|CK034902
genomic: GTGATGCTTTCAGCTTCCAGGCTGGAGGACAAAATATCAACTTCCAAAAGgtgataattt ... gtcttgacagGAAGCTAAAACTTCAGTTGAGATGGCTAACGAGCTAAGTAGATTCAGTGAC
EST: GATGCTTTCAGCTTCCAGGCTGGAGGACAAAATATCAACTTCCAAAAG GAAGCTAAAACTTCAGTTGAGATGGCTAACGAGCTAAGTAGATTCAGTGAC
genomic: GATGCTTTCAGCTTCCAGGCTGGAGGACAAAATATCAACTTCCAAAAGgtgataattt ... gtcttgacagGAAGCTAAAACTTCAGTTGAGATGGCTAACGAGCTAAGTAGATTCAGTGAC
atttgtagctgtttttagctaattaattgccgttgaatgtttcatgtcttgacagGAAGCTAAAACTTCAGTTGAGATGGCTAACGAGCTAAGTAGATTCAGTGACACACCTGGAGATGCCTCCTTTGATGATTTATTCCCACCTAAGAAGCGAG
aattaat putative branch site (score: 26)
tttttagctaattaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcactgtcaaagccttgagcatatctgtgacctctgcatattctcatttgtagctgtttttagctaattaattgccgttgaatgtttcatgtcttgacagGAAGCTAAAACTTCAGTTGAGATGGCTAACGAGCTAAGTAGATTCAGTGACACACCTGGAGATGCCTCCTTTGATGATTTATTCCCACCTAAGAAGCGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - ctgtgac
- - - - - - - - - - - - - - - -ctctgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttca