1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...aggattttgtgatattttacctatgtaaaccttggtttcttcagctgttacatgtcatattcatttgcactaaatctaatgtatgcttttaaatgtgtagAGAACTACAATTTATGCTCAAGTTGATGCTGCTCTTCACAAAATAAGGGACACATCGGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g19690.2 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATTCTCAAACTCCTCTAAGATCAGTCAAATCCTTCAGGATGTTGCACTG AGAACTACAATTTATGCTCAAGTTGATGCTGCTCTTCACAAAATAAGGGACEST: gi|29671022|gb|CB667297.1|CB667297
genomic: CATTCTCAAACTCCTCTAAGATCAGTCAAATCCTTCAGGATGTTGCACTGgtatgttatc ... aaatgtgtagAGAACTACAATTTATGCTCAAGTTGATGCTGCTCTTCACAAAATAAGGGAC
EST: CATTCTCAAACTCCTCTAAGATCAGTCAAATCCTTCAGGATGTTGCACTG AGAACTACAATTTATGCTCAAGTTGATGCTGCTCTTCACAAAATAAGGGAC
genomic: CATTCTCAAACTCCTCTAAGATCAGTCAAATCCTTCAGGATGTTGCACTGgtatgttatc ... aaatgtgtagAGAACTACAATTTATGCTCAAGTTGATGCTGCTCTTCACAAAATAAGGGAC
tgttacatgtcatattcatttgcactaaatctaatgtatgcttttaaatgtgtagAGAACTACAATTTATGCTCAAGTTGATGCTGCTCTTCACAAAATAAGGGACACATCGGAG
taaatctaatgtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aggattttgtgatattttacctatgtaaaccttggtttcttcagctgttacatgtcatattcatttgcactaaatctaatgtatgcttttaaatgtgtagAGAACTACAATTTATGCTCAAGTTGATGCTGCTCTTCACAAAATAAGGGACACATCGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - ttgtgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttcagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cactaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtatgc