Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtaactatgtatattacttctactttattgttcatgactaaatattaaatatattgttttagggtgttgtcttctgtacagtggaaagccttaattttggttgaaccctgcctaatatatatgacactactttgtttaatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTTACCCGTCATTTCCGTGTTCACCAGAAGGGAGGTGAAACCAGCACAAACA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g46610.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g46610.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G033515_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
gtatgtaactatgtatattacttctactttattgttcatgactaaatattaaatatattgttttagggtgttgtcttctgtacagtggaaagccttaa----ttttggttgaaccctgcctaatatata-----tgacactactttgtttaatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTTACCCGTCATTTCCGTGTTCACCAGAAGGGAGGTGAAACCAGCACAAACA
|||||||  |   | | ||  ||||  |||| | | | |||||| || | | |  || | |||   |     || |  |     |       |||| |    |    |||  ||| |  |  | | |||     |||    | |  |||   | | ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||
gtatgtagtt---tctgtt--ttctggtttact-tccttgactagatgtcataattactttttgttgaatcggtatcatacctgggaatgtaccttcagacataaatgttttaccttctcataaagatacaaaatgatgtcaatccgttctgtgtatagGTGTGCCCTGATGGGAAAACCATTGAAGCTGAAGCAGCCCATGGCACGGTTACCCGCCATTTCCGTGTTCACCAGAAAGGAGGTGAAACCAGTACGAACA

upper sequence: LOC_Os01g46610.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G432128_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
------------------gtatgtaactatgtatattacttctactttattgttcatgactaaatattaaatatattgtt-ttagggtgttgtcttctgtaca-gtggaaagccttaattttgg---ttgaaccctgcctaatatatatgacactac---tttgtttaatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTTACCCGTCATTTCCGTGTTCACCAGAAGGGAGGTGAAACCAGCACAAACA
                   |   | ||| | |  | ||  | | | |  || || ||||  ||  |    || | | ||| ||    || ||||     | |   || |    |  |  |       ||  |  ||    || |||  ||||  | |   | ||||   ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||
gtatgtactttctgatttctgatttactttctcgactagatgt-catagttatttatgataaagaaccttatttttcgttgttgaattggtgtcacacctgcgcatgcaccttcagagatccatgctttacattctcataaagatacgtgacgatgccaatctgttgtgtatatagGTGTGCCCTGATGGAAAAACCATCGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTTACCCGTCATTTCCGTGTCCACCAGAAAGGAGGCGAAACCAGCACGAACA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86415346|gb|CI069749.1|CI069749
EST:     GACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|38476040|gb|CF960173.1|CF960173
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|163920289|gb|EG709541.1|EG709541
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|58665596|gb|CK054282.1|CK054282
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|27577270|gb|CA999964.1|CA999964
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|86418643|gb|CI053444.1|CI053444
EST:     ATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: ATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|86434949|gb|CI106182.1|CI106182
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|163928745|gb|EG714738.1|EG714738
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|29663183|gb|CB659458.1|CB659458
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|33683050|gb|CF311289.1|CF311289
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|58681851|gb|CK070538.1|CK070538
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|27554189|gb|CA998089.1|CA998089
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|58599688|gb|CK010216.1|CK010216
EST:     TAGCTCAAGGCTTTGGTTCATT-GGTTTAGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: TAGCTCAAGGCTTTGGTTCATTGGGTTT-GATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|29671745|gb|CB668020.1|CB668020
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|88675747|gb|CI729319.1|CI729319
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|55408933|gb|CV721309.1|CV721309
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|58601771|gb|CK012299.1|CK012299
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGA
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGA
EST: gi|22546869|gb|BU099180.1|BU099180
EST:     GCTNTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAAC
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAAC
EST: gi|27577331|gb|CB000026.1|CB000026
EST:     TCAAGGCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTCTTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: TCAAGGCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|29674013|gb|CB670288.1|CB670288
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATCGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|5771058|gb|AU077947.1|AU077947
EST:     TTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGNT
genomic: TTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCT-GATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGT
EST: gi|58672235|gb|CK060921.1|CK060921
EST:     GGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGNGCACGGT
genomic: GGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATG-GCACGGT
EST: gi|163925810|gb|EG714934.1|EG714934
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|58671792|gb|CK060478.1|CK060478
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|29675351|gb|CB671626.1|CB671626
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|218485007|gb|FG955773.1|FG955773
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|33683369|gb|CF311608.1|CF311608
EST:     TCATTGGGTTTGATGACATCAGTTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGT
genomic: TCATTGGGTTTGATGACATCAG-TATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGT
EST: gi|58678891|gb|CK067578.1|CK067578
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|27577333|gb|CB000028.1|CB000028
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGCATTT                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|33676140|gb|CF304379.1|CF304379
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCAC
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCAC
EST: gi|88908732|gb|CI714874.1|CI714874
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|27577291|gb|CA999985.1|CA999985
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|58656878|gb|CK045558.1|CK045558
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGAGGTCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|58682904|gb|CK071591.1|CK071591
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGC
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGC
EST: gi|109974759|gb|DT807089.1|DT807089
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAATATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAA
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAA
EST: gi|27554181|gb|CA998081.1|CA998081
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|58592245|gb|CF990553.1|CF990553
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|88666968|gb|CI719104.1|CI719104
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|87024270|gb|CI257011.1|CI257011
EST:     GCTTTGGTTCATTGGG-TTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|2280725|gb|C25220.1|C25220
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|427666|gb|D23800.1|D23800
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|58684154|gb|CK072841.1|CK072841
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|29643696|gb|CB648703.1|CB648703
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGGTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|58601500|gb|CK012028.1|CK012028
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|27576295|gb|CA998989.1|CA998989
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|29612962|gb|CB617975.1|CB617975
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|33676517|gb|CF304756.1|CF304756
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|58589438|gb|CF987746.1|CF987746
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|87024299|gb|CI257040.1|CI257040
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|426263|gb|D22124.1|D22124
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|11442840|gb|BF430739.1|BF430739
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|86420101|gb|CI054902.1|CI054902
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|163920750|gb|EG710044.1|EG710044
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|163927556|gb|EG709964.1|EG709964
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|27577341|gb|CB000036.1|CB000036
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|8527251|gb|AU092066.1|AU092066
EST:     TGACATCCAGTATTG                         GTGTNCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCCATGGCACGG
genomic: TGACAT-CAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTG-CCCATGGCACGG
EST: gi|117251413|gb|CT844156.1|CT844156
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
EST: gi|33680077|gb|CF308316.1|CF308316
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATNCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACAT-CAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGT
EST: gi|29642812|gb|CB647819.1|CB647819
EST:     GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTG                         GTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT
genomic: GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 38 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 113

GCTTTGGTTCATTGGGTTTGATGACATCAGTATTGgtatgtaact ... taatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTTACCCGTCATTTCCGTGTTCACCAGAAGGGAGGTGAAACCAGCACAAACA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taattttggttgaaccctgcctaatatatatgacactactttgtttaatatgtagGTGTGCCCTGATGGAAAAACAATTGAAGCTGAAGCTGCCCATGGCACGGTTACCCGTCATTTCCGTGTTCACCAGAAGGGAGGTGAAACCAGCACAAACA
                                      ctttgttt  CT-rich tract
                                    tactttgtttaatat  TA-rich tract