1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtaagtcatatgccataaccttccagtatggcataataggtgcacgtactgtatgggaagcacgctgttttttacttttcgtgatacccatgtattcattttttttattatttgcatgtttactggcgagacttaagcaagttggccaacctcatatcatgtgtgttcttttctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTTGACCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g59020.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|88466692|gb|CI542269.1|CI542269
genomic: CAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: CTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|58605902|gb|CK033935.1|CK033935
genomic: CTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTTAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|7332371|gb|AU085717.1|AU085717
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGG-ACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|89185790|gb|CI047659.1|CI047659
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|88409323|gb|CI559421.1|CI559421
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|88270335|gb|CI385593.1|CI385593
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GCTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|88902882|gb|CI088420.1|CI088420
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|58669197|gb|CK057883.1|CK057883
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|29667203|gb|CB663478.1|CB663478
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|29676290|gb|CB672565.1|CB672565
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|89192845|gb|CI050143.1|CI050143
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|89193289|gb|CI050587.1|CI050587
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|58687966|gb|CK076653.1|CK076653
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|88431251|gb|CI557231.1|CI557231
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: TTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|88452732|gb|CI560782.1|CI560782
genomic: TTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGG-
EST: ATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|86849375|gb|CI297824.1|CI297824
genomic: ATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|94362404|gb|CI052399.1|CI052399
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|86431027|gb|CI083450.1|CI083450
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|89181042|gb|CI045125.1|CI045125
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|86601030|gb|CI356787.1|CI356787
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: AAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|88907562|gb|CI090356.1|CI090356
genomic: AAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|58611454|gb|CK039166.1|CK039166
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: TATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|88986543|gb|CI033686.1|CI033686
genomic: TATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCCATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACCAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|89175803|gb|CI042824.1|CI042824
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|89183625|gb|CI046190.1|CI046190
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|88221299|gb|CI221255.1|CI221255
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|88452702|gb|CI560752.1|CI560752
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: ATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|58611185|gb|CK038897.1|CK038897
genomic: ATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|86427151|gb|CI072248.1|CI072248
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAACATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|88269749|gb|CI381047.1|CI381047
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|86836241|gb|CI346228.1|CI346228
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|29616022|gb|CB621034.1|CB621034
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|58689152|gb|CK077839.1|CK077839
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|58679992|gb|CK068679.1|CK068679
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTEST: gi|89192930|gb|CI050228.1|CI050228
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: GGTTGCAAGGATGTCTCGATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
gagacttaagcaagttggccaacctcatatcatgtgtgttcttttctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTTGACCAG
tgttcttttctctcat CT-rich tract
atatcat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtcatatgccataaccttccagtatggcataataggtgcacgtactgtatgggaagcacgctgttttttacttttcgtgatacccatgtattcattttttttattatttgcatgtttactggcgagacttaagcaagttggccaacctcatatcatgtgtgttcttttctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTTGACCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC