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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atctgggagataggttctggcctcggttatggtggtagtgactagtgagacgatgattcaatgttacagaatatttattcttctttctcaccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGATGTGGAAATTGATGGGCAACATATAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g36670.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g36670.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G158237_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
-----atctgggagataggttctggcctcggttatggtggtagtgactagtgagacgatgattcaatgttacagaatatttattcttctttctcaccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGATGTGGAAATTGATGGGCAACATATAG
      | |  |||| |      |         |   ||  ||| ||| |   ||  |  |||  |    | ||| |  |  | ||| |||||||  ||| | || || ||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||| ||||
acactttatcagagaaaatcaaagaaaaaaagaactatgacagt-acttgaatgataagaatttca----aaagatttatcttacttttttctcatgttgcatagGGCGTTGCAGAGGTTCAATTACCAGCAGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|44665422|gb|CR278856.1|CR278856
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
EST: gi|88570043|gb|CI661218.1|CI661218
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
EST: gi|88328504|gb|CI676714.1|CI676714
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
EST: gi|88580780|gb|CI697732.1|CI697732
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
EST: gi|58597588|gb|CK008116.1|CK008116
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
EST: gi|58601241|gb|CK011769.1|CK011769
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
EST: gi|87005928|gb|CI289345.1|CI289345
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
EST: gi|86847788|gb|CI288845.1|CI288845
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATA
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATA
EST: gi|88419577|gb|CI686794.1|CI686794
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
EST: gi|88307256|gb|CI641892.1|CI641892
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
EST: gi|88580485|gb|CI697419.1|CI697419
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
EST: gi|88581910|gb|CI699127.1|CI699127
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
EST: gi|88335390|gb|CI650355.1|CI650355
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
EST: gi|58691487|gb|CK080174.1|CK080174
EST:     TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAG                         AGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT
genomic: TCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 30 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 2

AACTACTCGCCCCTGGTTCGCGATGCTGCGGAAGGTGGCCGTCGCCTTCCTCGCTTGCGCCGCCCTCTACCTCGCCTTCGCCGCCTACTCCCGCCGCGAGgtatgatggg ... ccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGATGTGGAAATTGATGGGCAACATATAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgagacgatgattcaatgttacagaatatttattcttctttctcaccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGATGTGGAAATTGATGGGCAACATATAG
                                       ttctcac  putative branch site (score: 2)
                          tatttattcttctttc  CT-rich tract
                        aatatttattcttctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atctgggagataggttctggcctcggttatggtggtagtgactagtgagacgatgattcaatgttacagaatatttattcttctttctcaccttgtacagAGCCTTGGAGAGGTTCGATTACCTGCAGTTACTAACAGGGTATACTTGGATGTGGAAATTGATGGGCAACATATAG

- - - - - - ggttctg
- - - - - - - - - - - - - - -tggtggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgattca