Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtggttcaaatattttattctttattgcatgactatactgcagatttcaacaattgatatagatttgtctttaatatttgtgtttgacgtaagtaattttgttttagaattttttgatgtttgacatgaatatttcattgtagtgatgaccttgtctcatttctttggcagCATAAATGTGATCTTATCAATATGAGTTATGGTGAGCCTACATCACTGCCAGACTATGGACGGTTCGTTGACCTTGCGAATGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G37900.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G37900.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv16s0050g00490.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
gtggttcaaatattttattctttattgcatgactatactgcagatttcaacaattgatatagatttgtctttaatatttgtgtttgacgtaagtaattttgttttagaattttttgatgtttgacatgaatatttcattgtagtgatgaccttgtctcatttctttggcagCATAAATGTGATCTTATCAATATGAGTTATGGTGAGCCTACATCACTGCCAGACTATGGACGGTTCGTTGACCTTGCGAATGAA
                                                               | |||     ||||   | ||| |   |   | ||   || |||||||  ||           || |   || ||| |  |||||    |    |||||  || |||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||   ||||| || |||||||| || ||||||||||  ||||||
---------------------------------------------------------------tatgtgacatatataaatattttatcgattaacttccattctagaattaatttgc--------tgtagggttaattttgatgatggatattgtgcattttatttgcagCACAAGTGTGATCTCATCAACATGAGTTATGGAGAACCTACAATGCTGCCTGATTATGGACGATTTGTTGACCTTGTTAATGAA

upper sequence: GLYMA10G37900.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: PP1S2_123V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
gtggttcaaatattttattctttattgcatgactatactgcagatttcaacaattgatatagatttgtctttaatatttgtgtttgacgtaagtaattttgttttagaattttttgatgtttgacatgaatatttcattgtagtgatgaccttgtctcatttctttggcagCATAAATGTGATCTTATCAATATGAGTTATGGTGAGCCTACATCACTGCCAGACTATGGACGGTTCGTTGACCTTGCGAATGAA
                                                         | |||| |     ||  ||    ||  ||    || || | |  | ||   ||  ||  |  ||| |  | | |   | | |||| |  ||             ||||  ||||   |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||| ||||| ||||||| || ||  |  | || ||  | || 
---------------------------------------------------------tctagagtctgtcttgttaagcatgcctggacaaaatagtctattcttgtcatgattcaacatttaa-gtcactggat-actgtaattgtg------------ctcttctgcagACAAAATGTGATCTTATAAACATGAGTTATGGAGAGCCGACCTCAATGCCAAACTATGGTCGTTTTATCCAACTAGCTGAAGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtttgacatgaatatttcattgtagtgatgaccttgtctcatttctttggcagCATAAATGTGATCTTATCAATATGAGTTATGGTGAGCCTACATCACTGCCAGACTATGGACGGTTCGTTGACCTTGCGAATGAA
  gtttgac  putative branch site (score: 4)
                                 ccttgtctcatttctt  putative PPT
         atgaatatttcatt  TA-rich tract