Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggcatgcgtgcaagttatgttgcatgttttcctgcattaatgtttagtgctgacttctaattcaatctgagaaatctgacattatcatgttagcattcagATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCCATCACTGGGCATCGCTTATTGGAACGATATGGCATGACTGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G02180.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19937440|gb|BQ081291.1|BQ081291
EST:     CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATG                         ATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
genomic: CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATGgtaagagaaa ... tagcattcagATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
EST: gi|162286164|gb|FC456612.1|FC456612
EST:     CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATG                         ATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
genomic: CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATGgtaagagaaa ... tagcattcagATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
EST: gi|17153356|gb|BM143289.1|BM143289
EST:     CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATG                         ATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
genomic: CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATGgtaagagaaa ... tagcattcagATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
EST: gi|151393469|gb|EV263344.1|EV263344
EST:     CTGAGCTACAAGCTGCTTC--TATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATG                         ATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
genomic: CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATGgtaagagaaa ... tagcattcagATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
EST: gi|9205100|gb|BE331324.1|BE331324
EST:     CTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATG                         ATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
genomic: CTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATGgtaagagaaa ... tagcattcagATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtgctgacttctaattcaatctgagaaatctgacattatcatgttagcattcagATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCCATCACTGGGCATCGCTTATTGGAACGATATGGCATGACTGAA
            taattcaat  TA-rich tract