Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagactccctcttttcgagtgtcatgtatttcaaattatcactttttcatggttttttattcttactcggtatcttcttatactaagttattaacaagtcacatgcatttatgttccctctagctttttaattcattttttgctgactatatattcctcatttcaagaatttaatttaccattttgacagATATCTATAGGCCTTGTGGTTGCTTTAAACTATCAGAACCCTTTCATGAATCCTTATGAGGAATTCCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G03360.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G03360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv05s0102g01110.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtaagactccctcttttcgagtgtcatgtatttcaaattatcactttttcatggttttttattcttactcggtatcttcttatactaagttattaacaagtcacatgcatttatgttccctctagctttttaattcattttttgctgactatatattcctcatttcaagaatttaatttaccattttgacagATATCTATAGGCCTTGTGGTTGCTTTAAACTATCAGAACCCTTTCATGAATCCTTATGAGGAATTCCAG
                                                                            | |   | || ||  | || ||| | ||||       |||||  |  |   |  ||||    |||| |  |   || |  |  |   |||       |   || | |     |||| | || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||
----------------------------------------------------------------------------tgcaacttctgaggcactaccaa-tgacatatgc---tgttcattacaagat--taat--gattttggaagctcatgtggtgatatgttc------cttggttgcaacac--acagGTTTCAATTGGCCTTGTGGTTGCTTTGAATTATCACAACCCTTTCTTGAACCCTTATGAAGAATTCCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttttgctgactatatattcctcatttcaagaatttaatttaccattttgacagATATCTATAGGCCTTGTGGTTGCTTTAAACTATCAGAACCCTTTCATGAATCCTTATGAGGAATTCCAG
                                           ccatttt  CT-rich tract
                      tcatttcaagaattta  TA-rich tract