Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctatgtcgaagcaacatgccaatttttgtgaaggattttgatggttataaacatttaattttcttgatttccaaataattaatgctgtattttgtttttattccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G02530.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209712271|gb|BW668465.1|BW668465
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCT
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCT
EST: gi|23732448|gb|BU764383.1|BU764383
EST:     GTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|192298820|gb|FG991041.1|FG991041
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCGGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|21602714|gb|BQ613045.1|BQ613045
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|7924247|gb|AW830273.1|AW830273
EST:     AATGCTGATGAGCCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: AATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|192326942|gb|FK019219.1|FK019219
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|209710455|gb|BW657327.1|BW657327
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|209703723|gb|BW670686.1|BW670686
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|4288001|gb|AI441270.1|AI441270
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGATGAACCAATTGCTCAAATTGAAACAGACAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttcttgatttccaaataattaatgctgtattttgtttttattccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
                   aattaat  putative branch site (score: 3)
                                ttttgtttttattcct  putative PPT
               aaataattaatgctgt  TA-rich tract