1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tagagttctcatcctagactacctgagcggggacatgttcgtataattttatttgatgtggtgggcatcttagtataatttttgtttgatggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACCACCTGCTTGATCAAGTGGCTGTTTCTTATCATGTATATGTTAAAATTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G15380.2 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGG-AGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGEST: gi|208079273|gb|GD874957.1|GD874957
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGG
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|208173020|gb|GD967551.1|GD967551
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGEST: gi|120534511|gb|EH262644.1|EH262644
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGG
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|120534428|gb|EH262561.1|EH262561
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|193328896|gb|FK295140.1|FK295140
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|120530869|gb|EH259002.1|EH259002
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|207763803|gb|GD737520.1|GD737520
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|5770590|gb|AI973764.1|AI973764
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGAACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|193686177|gb|FK625528.1|FK625528
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|208253995|gb|GE052543.1|GE052543
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|15337539|gb|BI498195.1|BI498195
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCC-ACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGAEST: gi|208077286|gb|GD876511.1|GD876511
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGA
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|208131906|gb|GD926927.1|GD926927
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGNTGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGCGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|208112631|gb|GD909234.1|GD909234
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|20449683|gb|BQ253807.1|BQ253807
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGAGGACGTGGAAGGGGGEST: gi|208280557|gb|GE075827.1|GE075827
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGG
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGCGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|208111855|gb|GD912331.1|GD912331
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTEST: gi|207690383|gb|GD672986.1|GD672986
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGT
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGAEST: gi|24136070|gb|BU926580.1|BU926580
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGA
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|254343936|gb|GR857692.1|GR857692
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|6846526|gb|AW348816.1|AW348816
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACEST: gi|26268500|gb|CA819563.1|CA819563
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGEST: gi|42722536|gb|CK768435.1|CK768435
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGG
EST: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTG GCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
genomic: AGTTGGGTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCAACCTCCCCCACGTGgtaagcatgc ... ggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGAC
attttatttgatgtggtgggcatcttagtataatttttgtttgatggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACCACCTGCTTGATCAAGTGGCTGTTTCTTATCATGTATATGTTAAAATTA
gtttgat putative branch site (score: 5)
atcttagtataatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tagagttctcatcctagactacctgagcggggacatgttcgtataattttatttgatgtggtgggcatcttagtataatttttgtttgatggttttgcagGCCGTGGACGTGGAAGGGGGAGAGGTCGTGGACGTGGAAGGGACCGGGGACCACCTGCTTGATCAAGTGGCTGTTTCTTATCATGTATATGTTAAAATTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT