1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
gttttcatttcatcatctacaagtctttttatttcagattttaagtctgctccttcatttgcactgctttatgattattatttcccttctgccactattctactacctctaaccaactgtttaatctatcattttgatgtgcagTGGAACAAAGCAAGCTGCACATAGATTGAAGATTATATTTGGATTAGCTGGCTTAAAAGCTGCTGAGCTTCATGGAAATCTTACTCAAGCCCAGCGCCTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G25240.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTCTTGCAATGTGCTCCAAAACTTTTACTTCCAAAGTCATCATCTTCAG TGGAACAAAGCAAGCTGCACATAGATTGAAGATTATATTTGGATTAGCTGGEST: gi|254340268|gb|GR858393.1|GR858393
genomic: CTTCTTGCAATGTGCTCCAAAACTTTTACTTCCAAAGTCATCATCTTCAGgttttcattt ... tgatgtgcagTGGAACAAAGCAAGCTGCACATAGATTGAAGATTATATTTGGATTAGCTGG
EST: CTTCTTGCAATGTGCTCCAAAACTTTTACTTCCAAAGTCATCATCTTCAG TGGAACAAAGCAAGCTGCACATAGATTGAAGATTATATTTGGATTAGCTGG
genomic: CTTCTTGCAATGTGCTCCAAAACTTTTACTTCCAAAGTCATCATCTTCAGgttttcattt ... tgatgtgcagTGGAACAAAGCAAGCTGCACATAGATTGAAGATTATATTTGGATTAGCTGG
tgccactattctactacctctaaccaactgtttaatctatcattttgatgtgcagTGGAACAAAGCAAGCTGCACATAGATTGAAGATTATATTTGGATTAGCTGGCTTAAAAGCTGCTGAGCTTCATGGAAATCTTACTCAAGCCCAGCGCCTT
tcatttt CT-rich tract
tttaatctatcatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttttcatttcatcatctacaagtctttttatttcagattttaagtctgctccttcatttgcactgctttatgattattatttcccttctgccactattctactacctctaaccaactgtttaatctatcattttgatgtgcagTGGAACAAAGCAAGCTGCACATAGATTGAAGATTATATTTGGATTAGCTGGCTTAAAAGCTGCTGAGCTTCATGGAAATCTTACTCAAGCCCAGCGCCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA