1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...caaatcatcagcttaatggttacttgcacattcaatgtctgtcccctctttgccatattttgaaggttgaccattgattgataattgaatttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTTGTGACCATTCTATCAGGAACTTTTCTTCTTCACAAAACTAAGGATATGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G00560.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTATTATGTTTAAG GACTTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTEST: gi|38193345|gb|CF922551.1|CF922551
genomic: GTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGAC-TGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTT
EST: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTTEST: gi|208128879|gb|GD927115.1|GD927115
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
EST: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG GACTGGGATAGACAAAGTCCAACEST: gi|193442913|gb|FK408379.1|FK408379
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAAC
EST: TTATTATGTTTAAG GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTTEST: gi|58020349|gb|CX707091.1|CX707091
genomic: TTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
EST: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTTEST: gi|51343212|gb|CO983945.1|CO983945
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
EST: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTTEST: gi|120531881|gb|EH260014.1|EH260014
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
EST: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTTEST: gi|58016807|gb|CX703549.1|CX703549
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
EST: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTTEST: gi|6848018|gb|AW350308.1|AW350308
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
EST: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
ctctttgccatattttgaaggttgaccattgattgataattgaatttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTTGTGACCATTCTATCAGGAACTTTTCTTCTTCACAAAACTAAGGATATGG
attgataattgaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caaatcatcagcttaatggttacttgcacattcaatgtctgtcccctctttgccatattttgaaggttgaccattgattgataattgaatttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTTGTGACCATTCTATCAGGAACTTTTCTTCTTCACAAAACTAAGGATATGG
- - -catcagc
- - - - - - - - - - - cttgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - caatgtc