Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtgcgttttttcagttaaacttgattgttgtattacaatttattttagcaattttcttataatatttttaaccttatatttggatttgtgcatgagaagGTTGTTAGAGGTGGTAGAAGGGTTGAGATCTCTATATATGATATTGTTGTTGGGGATGTTATACCCCTTAATATTGGTAACCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G06890.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G06890.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g08018.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtttgtgcgttttttcagttaaacttgattgttgtattacaatttattttagcaattttcttataatatttt--taaccttatatttggatttgtgcatgagaagGTTGTTAGAGGTGGTAGAAGGGTTGAGATCTCTATATATGATATTGTTGTTGGGGATGTTATACCCCTTAATATTGGTAACCAG
    |||||   | | | | | ||    || |   || |         |||||||   | || || |  | |  |    || ||||||  ||    | ||  | |||| ||||||||||||||||| ||||  | || |||| ||||||||| ||||| |||||  |  | || || |||||| |||||
----gtgcgccatatgaat-atacccatttctcagataa---------ttagcaacaatattttagtcctctaatggggttgtatttgtgtt-acacttgtca-gGTTATTAGAGGTGGTAGAAGGATTGAAGTGTCAATATTTGATATTGTAGTTGGTGATGTAGTGGCTCTAAAAATTGGTGACCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193357966|gb|FK318978.1|FK318978
EST:     CTCTTCAGTTCCGAGACCTAAATGAAGAGAAGAGAAATATACACCTGGAG                         GTTGTTAGAGGTGGTAGAAGG
genomic: CTCTTCAGTTCCGAGACCTAAATGAAGAGAAGAGAAATATACACCTGGAGgtttgtgcgt ... gcatgagaagGTTGTTAGAGGTGGTAGAAGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttagcaattttcttataatatttttaaccttatatttggatttgtgcatgagaagGTTGTTAGAGGTGGTAGAAGGGTTGAGATCTCTATATATGATATTGTTGTTGGGGATGTTATACCCCTTAATATTGGTAACCAG
                     ttttaac  putative branch site (score: 2)
     aattttcttataatat  TA-rich tract