Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaacatggatgattattgttttttaatagttgcatatgtaaggctctattatacgttatcttactatcaaaatgttttgatgttatgatgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGGATCTTACCTCTGATGGTTCTGGCCAAATTCCATATGAACTTATTAGGGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G06410.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15000523|gb|BI321337.1|BI321337
EST:     TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATG                         GCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
genomic: TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatgg ... atgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
EST: gi|58022609|gb|CX709350.1|CX709350
EST:     TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTG-TGAAAAACTATG                         GCNTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
genomic: TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatgg ... atgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
EST: gi|10843324|gb|BF066627.1|BF066627
EST:     TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATG                         GCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
genomic: TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatgg ... atgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
EST: gi|16996731|gb|BM086103.1|BM086103
EST:     TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATG                         GCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
genomic: TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatgg ... atgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
EST: gi|192317735|gb|FK010153.1|FK010153
EST:     TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATG                         GCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
genomic: TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatgg ... atgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
EST: gi|58015003|gb|CX701745.1|CX701745
EST:     TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATG                         GCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
genomic: TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatgg ... atgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctctattatacgttatcttactatcaaaatgttttgatgttatgatgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGGATCTTACCTCTGATGGTTCTGGCCAAATTCCATATGAACTTATTAGGGA
                                              tgttttt  CT-rich tract
                      tatcaaaatgtttt  TA-rich tract