1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...gtgatatatgttcacttgtcagattcttgagtgtttcaaattttcaatggcaatcatgttatctttttaatatatgttttttctacggcatccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGTAGCTGAAGTTCTTGAGAGGAACAAATTACCTGGTGCAATATTCACCTCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G08150.2 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGTEST: gi|193367841|gb|FK333423.1|FK333423
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtaagtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
EST: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTAEST: gi|254341577|gb|GR852714.1|GR852714
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtaagtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTA
EST: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGTEST: gi|16347961|gb|BI973556.1|BI973556
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtaagtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
EST: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGATAACTGTGTTGTGTG GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGTEST: gi|12489527|gb|BG043049.1|BG043049
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtaagtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
EST: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTATTEST: gi|6668020|gb|AW279471.1|AW279471
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtaagtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
EST: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGTEST: gi|19938590|gb|BQ081792.1|BQ081792
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtaagtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
EST: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGTEST: gi|193399998|gb|FK367429.1|FK367429
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtaagtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
EST: TTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAAEST: gi|193455585|gb|FK418764.1|FK418764
genomic: TTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtaagtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAA
EST: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTAEST: gi|27427065|gb|CA938585.1|CA938585
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtaagtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTA
EST: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtaagtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
aatggcaatcatgttatctttttaatatatgttttttctacggcatccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGTAGCTGAAGTTCTTGAGAGGAACAAATTACCTGGTGCAATATTCACCTCT
ttttaat putative branch site (score: 3)
aatcatgttatctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgatatatgttcacttgtcagattcttgagtgtttcaaattttcaatggcaatcatgttatctttttaatatatgttttttctacggcatccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGTAGCTGAAGTTCTTGAGAGGAACAAATTACCTGGTGCAATATTCACCTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA