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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

atatccttgaaagtttttgtgtataaattattcaatatttttctgattatttaaaacatttggggtatctttattacgtcagtccttaacatatataatatacATGTTCATGGGTTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTCTATGCAGGCTCCACG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G21840.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U12 (go to U12 genes for details)

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18039709|gb|BM308003.1|BM308003
EST:     ATGGGAGTACACATCTGCTGATCAGTTTCTGCATTGTCTACCACTACATC                         ATGTTCATGGGTTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTCTATGCAGGCTCCA
genomic: ATGGGAGTACACATCTGCTGATCAGTTTCTGCATTGTCTACCACTACATCatatccttga ... tataatatacATGTTCATGGGTTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTCTATGCAGGCTCCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttaaaacatttggggtatctttattacgtcagtccttaacatatataatatacATGTTCATGGGTTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTCTATGCAGGCTCCACG
 gtccttaac  putative branch site 
                                     ttaacatatataatat  TA-rich tract