Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgacacgaataactatttagttactctctgcagatgttagcactgcattcagttgttgcatccaagttaataataatttatttcttcttttatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTTGTCACTCTTAATGGAATATGAGAGTGCTAAGATCTGTTTGCTATACCTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G34680.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209715443|gb|BW684715.1|BW684715
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|18692788|gb|BM521636.1|BM521636
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|31456074|gb|CD398102.1|CD398102
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|9984433|gb|BE658541.1|BE658541
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|31474712|gb|CD416740.1|CD416740
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|15663182|gb|BI700553.1|BI700553
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|23733010|gb|BU764686.1|BU764686
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|16347696|gb|BI973291.1|BI973291
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|7692412|gb|AW760519.1|AW760519
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTA
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|209715444|gb|BW684716.1|BW684716
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|31472535|gb|CD414563.1|CD414563
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTCTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|298175025|gb|HO018020.1|HO018020
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|23733507|gb|BU764952.1|BU764952
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|120496558|gb|EH224725.1|EH224725
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|298172343|gb|HO019383.1|HO019383
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|10238632|gb|BE807520.1|BE807520
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|6135090|gb|AW133483.1|AW133483
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|120496987|gb|EH225154.1|EH225154
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|193549006|gb|FK510075.1|FK510075
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTCAACATGGGGACATGGCGG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
EST: gi|27425952|gb|CA937472.1|CA937472
EST:     GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAG                         GGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT
genomic: GATACCGATTACAAATGGCAAGCTTAACATGGGGACATGGCAGgtaattcatc ... tatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattcagttgttgcatccaagttaataataatttatttcttcttttatgttcaagGGTATATGGCTCTGCGAGCATCGGGATCATCCTACCTCACGAAGAGTTGTTGTCACTCTTAATGGAATATGAGAGTGCTAAGATCTGTTTGCTATACCTC
                   agttaat  putative branch site (score: 4)
                               tttatttcttctttta  putative PPT
                  aagttaataataattt  TA-rich tract