1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...gacacttgaacctcaagcttgtttttttctttttttctttttagaaaataaatccatatatgtatatttacatttaatcaaattgtgcttccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCTAGTATCAGTCTATCGTGAGAAGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G04360.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGT ATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCTEST: gi|298186757|gb|HO037390.1|HO037390
genomic: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatatt ... ccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
EST: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGT ATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCTEST: gi|213600856|gb|DB958434.1|DB958434
genomic: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatatt ... ccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
EST: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGT ATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCTEST: gi|7684914|gb|AW755562.1|AW755562
genomic: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatatt ... ccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
EST: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGT ATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAGAGCTNTATGTTCCTCAAGAGCTEST: gi|27423806|gb|CA935326.1|CA935326
genomic: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatatt ... ccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
EST: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGT ATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCTEST: gi|298188142|gb|HO032099.1|HO032099
genomic: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatatt ... ccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
EST: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGT ATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
genomic: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatatt ... ccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
aaataaatccatatatgtatatttacatttaatcaaattgtgcttccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCTAGTATCAGTCTATCGTGAGAAGG
atttaat putative branch site (score: 4)
cttccttgtc putative PPT
aatccatatatgtata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gacacttgaacctcaagcttgtttttttctttttttctttttagaaaataaatccatatatgtatatttacatttaatcaaattgtgcttccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCTAGTATCAGTCTATCGTGAGAAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - cttgaac
- - - - - - - - gcttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attgtgc