1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaagattgattaaaagtcagatcatacatgctatataatatatatactacctttgtcttataatatcttttttactgtcagGATGATGGGGAGTTGTATGATGAATTTGGAAATCTTAAGAAAAAATACCGTGCCAAAACACAGCAAGCTGAAGCTGCACGTGGGCTTCCTGGTTCAGGGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G11060.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGATGAAGAGGAAATAGAAGAAACTAGACGTCGTAGAAGGGAAGCTGAA GATGATGGGGAGTTGTATGATGAATTTGGAAATCTTAAGAAAAAATACCGT
genomic: TTGATGAAGAGGAAATAGAAGAAACTAGACGTCGTAGAAGGGAAGCTGAAgtaagattga ... ttactgtcagGATGATGGGGAGTTGTATGATGAATTTGGAAATCTTAAGAAAAAATACCGT
catgctatataatatatatactacctttgtcttataatatcttttttactgtcagGATGATGGGGAGTTGTATGATGAATTTGGAAATCTTAAGAAAAAATACCGTGCCAAAACACAGCAAGCTGAAGCTGCACGTGGGCTTCCTGGTTCAGGGC
tcttttttactgtc CT-rich tract
tatataatatatatac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagattgattaaaagtcagatcatacatgctatataatatatatactacctttgtcttataatatcttttttactgtcagGATGATGGGGAGTTGTATGATGAATTTGGAAATCTTAAGAAAAAATACCGTGCCAAAACACAGCAAGCTGAAGCTGCACGTGGGCTTCCTGGTTCAGGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC