Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatgtgtcagcttgatagagcatttaaaatattttcaattatacaatcttcttggttatagcctaacagtttatgcaatcttcttttatgtattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCAACCACAAACCTCCCTGAAGACCTAAAAGAACGGTTTGAGGAGTACGTAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G03200.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G03200.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv07s0104g00510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-tatgtgtcagcttgatagagcatttaaaatattttcaattatacaatcttcttggttatagcctaacagtttatgcaatcttcttttatgtattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCAACCACAAACCTCCCTGAAGACCTAAAAGAACGGTTTGAGGAGTACGTAA
 ||  ||  ||| | |||    ||||   || | ||  |||  |  |   | |    ||||     |   || || |  ||       ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |  |   |||| |||||    | ||||||||| ||||||||| | || || |||||||| ||||| ||||
gtaattgctagcattata----atttggcatctgttgtattgaa--actctttcaactataa---gatcattcatactgtca------atgtactttgcagCACTTCTATGCAGAACCCAGAGCTGCCAAGGACATTCTGGGGTGGCACGGCATCACAAACCTTCCTGAAGACTTGAAGGAGCGGTTTGATGAGTATGTAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213606252|gb|DB976469.1|DB976469
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|6914676|gb|AW396206.1|AW396206
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|214005443|gb|DB985509.1|DB985509
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|192320840|gb|FK013930.1|FK013930
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTTTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|8669439|gb|BE190546.1|BE190546
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|209729821|gb|BW658626.1|BW658626
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|13790104|gb|BG652695.1|BG652695
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|7639890|gb|AW734203.1|AW734203
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|22928688|gb|BU545827.1|BU545827
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|20814787|gb|BQ299265.1|BQ299265
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAANGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|209729028|gb|BW655046.1|BW655046
EST:     AAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: AAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcttcttggttatagcctaacagtttatgcaatcttcttttatgtattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCAACCACAAACCTCCCTGAAGACCTAAAAGAACGGTTTGAGGAGTACGTAA
               gcctaac  putative branch site (score: 2)
                                   ttcttttatgtattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatgtgtcagcttgatagagcatttaaaatattttcaattatacaatcttcttggttatagcctaacagtttatgcaatcttcttttatgtattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCAACCACAAACCTCCCTGAAGACCTAAAAGAACGGTTTGAGGAGTACGTAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
tatgtgt
- - - -cagcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgcaa