Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attgttagttttgaatgtgctcatggtttagctagttttatggtatactaattatcctcgggcaaacttatctgtcttctgtcttatgtttgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGATGATATGATTGACACTGCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G06110.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G06110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g03540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
attgttagttttgaatgtgctcatggtttagctagttttatggtatactaa----ttatcctcgggcaaacttatc---tgtcttctgtcttatgt-ttgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGATGATATGATTGACACTGCTG
        |||   | | |   ||       |  |||  ||  |    |||    | || ||  |  | | | | |   |    | | || | |   || |  | ||||| ||||| || ||||| ||||| | ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| || ||||
--------tttcagacgagtctatatcactacatgttgcatacttgtttaaattttcatgctttgtgagattaaaccactacagtttatcatgttcatttttttacagGTAATGAATCTTATTGGAGATGTTAGAGGAAAAGTGGCTGTTATGATGGATGATATGATTGATACAGCTG

upper sequence: GLYMA05G06110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G038791_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
attgttagttttgaatgtgctcatggtttagctagttttatggtatactaatt---atcctcgggcaaacttatctgtcttctgtcttatgtttgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGATGATATGATTGACACTGCTG
|  | |     |||||     |    |  |||||   | |    ||  | ||    ||  || |||   | | |   ||||  ||| | ||  | |  | ||||||||||| || ||||| || || | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||| || |
acagctttagctgaatacaaaccatctgcagctatgctgaatacatgtttatcttaattttcaggctg-catgttcatctt--gtcatgtgcatttattacagGTGATGAATCTTATTGGAGACGTGAGAGGAAAAGTGGCTGTTATGATGGATGATATGATCGACACAGCAG

upper sequence: GLYMA05G06110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT1G32380.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
attgttagttttgaatgtgctcatggtttag--ctagttttatggtatactaattatcctcgggcaaacttatctgtcttctgtcttatgtttgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGATGATATGATTGACACTGCTG
                    | |   ||||    ||  || ||  ||| ||   ||  | |  |    || || |||      |  | | |        ||||| |||||||| || |||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||| ||||| || ||||
-------------------gtaaaaatttaaatttaccttcattttatcctttctacacgcaagt--tctcatgtgttgataatactctttcc----cacagGTCATGAACCTAATCGGTGATGTTAAAGGGAAGGTGGCAGTAATGGTGGATGATATTATTGATACAGCTG

upper sequence: GLYMA05G06110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G35390.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
attgttagttttgaatgtgctcatggtttagctagttttatggtatactaattatcctcgggcaaacttatctgtcttc---tgtcttatgtttgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGATGATATGATTGACACTGCTG
                ||   | |  ||     ||  | |  || | || |  | |  ||            |   |||   | | ||||  ||    | ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| || || ||  |||||||||||||||||||||| |||||||
----------------gtatccct--ttctttcagagtcagagtttgctcaccaacaccgcttgcttccccttaagttcacatttgttatactttcctttcagGTCATGAACCTAATTGGTGATGTAAGAGGGAAGGTGGCAATAATGGTGGATGATATGATTGATACTGCTG

upper sequence: GLYMA05G06110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv02s0012g00530.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
attgttagttttgaatgtgctcatggtt---tagctagttttatggtatactaattatcctcgggcaaactta---tctgtcttctgtcttatgtttgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGATGATATGATTGACACTGCTG
      || ||||||  |    ||||     |    | || | |  | |  || ||||     | ||  | |    ||     | | | |  |||||    | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||
------agctttgaagatatggatggaaagatgttgaattcttttctttgttacttatgagatgtcattcctggagtcaagtctgtatttattgtttaccttacagGTGATGAATCTGATTGGTGATGTCAAAGGAAAAGTTGCAGTCATGGTGGATGACATGATTGATACTGCTG

upper sequence: GLYMA05G06110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S403_8V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
attgttagttttgaa-tgtgctcatggt--ttagctagttttatggtatactaattatcctcgggcaaacttatctgtcttctgtcttatgtt---tgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGATGATATGATTGACACTGCTG
    | | |||  || |||| || |          |     |||| |  | |  | |   | ||      ||  |  |  |     | |||||    |   ||||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||||||||
----tcaatttgaaaatgtgttctttacagcggattgaccctatgatggaat--taaaagttggtttggattgccgttactgaagttgatgttgaacgacgtgcagGTTATGAACCTCATCGGAGATGTGAAAGGAAAAGTGGCTGTTATGGTTGACGACATGATAGACACTGCTG

upper sequence: GLYMA05G06110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S152_123V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
---attgttagttttgaatgtgctcatggtttagctagttttatggtatactaattatcctcgggcaaacttatctgtcttctgtcttatgtttgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGATGATATGATTGACACTGCTG
     |  ||   |   || |  |   || | || |     |    |  ||| | |   |  || | |   |||  |    |     ||||  ||   | ||||| |||||  ||||||| || || ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||| |
cgagataatacgctgacatatctttgaggat-agatgaaactggaatgaactcagttgacatggacga--ctattcgcagccctgagtatggatgatgtacagGTCATGAATTTGATTGGAGACGTCAAAGGAAAAGTGGCTGTCATGGTGGACGACATGATAGACACTGCCG

upper sequence: GLYMA05G06110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S123_105V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
---------------------------------------------------------------------------------------------------attgttagt----tttgaatgtgctcatggtttagctagttttatggtatactaattatcc-tcgggcaaacttatctgtcttctgtcttatgtttgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGATGATATGATTGACACTGCTG
                                                                                                   || |||  |    ||||       | |  | | ||   ||||  ||    |  |||  |   ||   |  ||  |       | ||  | |||||||    |||||||||||||||||| || ||||| || ||||| || || || ||| | ||||||||||||||||||||||
gtgaattggcatcagcatccgcaccatctctaatgcactttgttttgtggatacaccctgcatgaccacttactcttccatggtgtaatttcctactgtatagttgatgtcatttggcatcatttagagctaagtatgtttcttgacggaaaaatcttgtatcaaactgaccaaagaaatatttgattcatgtttg----gcagGTGATGAACCTGATCGGAGATGTCAAGGGAAAGGTAGCAGTTATGCTTGATGATATGATTGACACTGCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7925715|gb|AW831741.1|AW831741
EST:     ACCCTTAGCTATTGTAGACCAAAAG-CGCCATGGACCCAATGTTGCTGAG                         GTGATGAACCTGATTGGTGATGTTAAAGG
genomic: ACCCTTAGCTATTGTAGAC-AAAAGGCGCCATGGACACAATGTTGCTGAGgtaatagctg ... tgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGG
EST: gi|58018515|gb|CX705257.1|CX705257
EST:     CACCCTTAGCTATTGTAGACAAAAGGCGCCATGGACACAATGTTGCTGAG                         GTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGAT
genomic: CACCCTTAGCTATTGTAGACAAAAGGCGCCATGGACACAATGTTGCTGAGgtaatagctg ... tgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGAT
EST: gi|22929545|gb|BU546684.1|BU546684
EST:     CACCCTTAGCTANNNTAGACAAAAGGCGCCATGGACACAATGTTGCTGAG                         GTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGAT
genomic: CACCCTTAGCTATTGTAGACAAAAGGCGCCATGGACACAATGTTGCTGAGgtaatagctg ... tgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tactaattatcctcgggcaaacttatctgtcttctgtcttatgtttgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGATGATATGATTGACACTGCTG
 tactaat  putative branch site (score: 1)
                  aaacttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attgttagttttgaatgtgctcatggtttagctagttttatggtatactaattatcctcgggcaaacttatctgtcttctgtcttatgtttgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGATGATATGATTGACACTGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - gaatgtg
- - - - - - - - - -ctcatgg