Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gctctatcaagctgacacatattgtacaaatattttcaattattcaaccttcttggttatagccttacactttatacaatcttctttatgtattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCAACCACAAACCTCCCTGAAGACCTAAAAGAACGGTTTGAGGAGTACGTAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G16620.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G16620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv07s0104g00510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gctctatcaagctgaca-catattgtacaaatattttcaattattcaaccttcttggttatagccttacactttatacaatcttctttatgtattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCAACCACAAACCTCCCTGAAGACCTAAAAGAACGGTTTGAGGAGTACGTAA
         |  ||  | |||  |        || |    |  |  |||  | |    ||||   | |   || ||||  ||      ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |  |   |||| |||||    | ||||||||| ||||||||| | || || |||||||| ||||| ||||
-------gtaattgctagcattataatttggcatctgttgtattgaaactctttcaactataagatca---ttcatactgtca-----atgtactttgcagCACTTCTATGCAGAACCCAGAGCTGCCAAGGACATTCTGGGGTGGCACGGCATCACAAACCTTCCTGAAGACTTGAAGGAGCGGTTTGATGAGTATGTAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20498582|gb|BQ273512.1|BQ273512
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|209707773|gb|BW683665.1|BW683665
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|7640164|gb|AW734471.1|AW734471
EST:     CAAAAGCTGCCGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|10235476|gb|BE804364.1|BE804364
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|13482403|gb|BG511746.1|BG511746
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|209702437|gb|BW652232.1|BW652232
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|10256057|gb|BE823823.1|BE823823
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|213590625|gb|DB975536.1|DB975536
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|214004076|gb|DB984982.1|DB984982
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|213596159|gb|DB977521.1|DB977521
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|214008083|gb|DB987016.1|DB987016
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|209725990|gb|BW672411.1|BW672411
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
EST: gi|214007577|gb|DB986678.1|DB986678
EST:     CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTAT                         CACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA
genomic: CAAAAGCTGTTGGAGTTGATGCAAAGAAGGCTTTCCCTTTCCGCACCTATgtacttacta ... tattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaccttcttggttatagccttacactttatacaatcttctttatgtattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCAACCACAAACCTCCCTGAAGACCTAAAAGAACGGTTTGAGGAGTACGTAA
                gccttac  putative branch site (score: 3)
                                    ttctttatgtattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gctctatcaagctgacacatattgtacaaatattttcaattattcaaccttcttggttatagccttacactttatacaatcttctttatgtattatgcagCACTTCTATGCAGAACCTAGAGCAGCCAAAGCTAAATTGGGATGGCAATCAACCACAAACCTCCCTGAAGACCTAAAAGAACGGTTTGAGGAGTACGTAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - -ctgacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccttctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccttaca