1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tttcagttatgtttgttctaaattctttttagacgcaatccaacatctgtagtatctatttgcttccattctaatcaagatttactcgtgtgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTGAGATGTTGACCGGCAGAAGATCCATGGACAAACACCGACCCAACGGTGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G02570.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGG GTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTGEST: gi|298181788|gb|HO025963.1|HO025963
genomic: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttag ... tgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
EST: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGG GTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTGEST: gi|192309781|gb|FK002935.1|FK002935
genomic: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttag ... tgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
EST: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGG GTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTGEST: gi|18040000|gb|BM308294.1|BM308294
genomic: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttag ... tgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
EST: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGG GTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTGEST: gi|16996487|gb|BM085859.1|BM085859
genomic: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttag ... tgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
EST: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGG GTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTGEST: gi|192298222|gb|FG992057.1|FG992057
genomic: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttag ... tgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
EST: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGG GTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
genomic: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttag ... tgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
tctgtagtatctatttgcttccattctaatcaagatttactcgtgtgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTGAGATGTTGACCGGCAGAAGATCCATGGACAAACACCGACCCAACGGTGA
ttctaat putative branch site (score: 2)
tatctattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcagttatgtttgttctaaattctttttagacgcaatccaacatctgtagtatctatttgcttccattctaatcaagatttactcgtgtgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTGAGATGTTGACCGGCAGAAGATCCATGGACAAACACCGACCCAACGGTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - -tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaacat