1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ttttcttaaaaatgccttggaacgacaaaataatgattgtaggagtccattccaacaatacaattacataaatgaccaagctaatttgctcatgctacagGGATTGGCAACCAGTGCGGTTAGTGATGTTTTTCTCCCTAGTGATAATTATCCTTATTGGTTGGCCCATATGGAAGATGGACATTCAGTGTATTTCACTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G10270.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tccattccaacaatacaattacataaatgaccaagctaatttgctcatgctacagGGATTGGCAACCAGTGCGGTTAGTGATGTTTTTCTCCCTAGTGATAATTATCCTTATTGGTTGGCCCATATGGAAGATGGACATTCAGTGTATTTCACTG
agctaat putative branch site (score: 3)
tttgctc CT-rich tract
aatacaattacataaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttttcttaaaaatgccttggaacgacaaaataatgattgtaggagtccattccaacaatacaattacataaatgaccaagctaatttgctcatgctacagGGATTGGCAACCAGTGCGGTTAGTGATGTTTTTCTCCCTAGTGATAATTATCCTTATTGGTTGGCCCATATGGAAGATGGACATTCAGTGTATTTCACTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - aatgcct
- - - - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caataca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaagct