1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tggtttgtataactagttatgttttgtggtgaataattattggtgagtttgatgctaattaaaatttatttatcatacactttaggtgtttacttctcagGTTATCAGGGTGTTCCATACACATATGTGCTTCCGTCTGTTGCACCACCGGCATACAATGCAGTGAATTACAGACCAAATGGTGCTGCTGGAGGAAAGCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G34220.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAAGATCCTCATTATGCACAGTCCATGAATTCTCCATTTTCATATCCTG GTTATCAGGGTGTTCCATACACATATGTGCTTCCGTCTGTTGCACCACCGGEST: gi|208300205|gb|GE098892.1|GE098892
genomic: TGAAGATCCTCATTATGCACAGTCCATGAATTCTCCATTTTCATATCCTGgtcagtatca ... tacttctcagGTTATCAGGGTGTTCCATACACATATGTGCTTCCGTCTGTTGCACCACCGG
EST: ATTTTCATATCCTG GTTTATCAGGGTGTTCCATACACATATGTGCTTCCGTCTGTTGCACCACCG
genomic: ATTTTCATATCCTGgtcagtatca ... tacttctcagG-TTATCAGGGTGTTCCATACACATATGTGCTTCCGTCTGTTGCACCACCG
agtttgatgctaattaaaatttatttatcatacactttaggtgtttacttctcagGTTATCAGGGTGTTCCATACACATATGTGCTTCCGTCTGTTGCACCACCGGCATACAATGCAGTGAATTACAGACCAAATGGTGCTGCTGGAGGAAAGCT
tgctaat putative branch site (score: 2)
tttacttctc putative PPT
taattaaaatttattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggtttgtataactagttatgttttgtggtgaataattattggtgagtttgatgctaattaaaatttatttatcatacactttaggtgtttacttctcagGTTATCAGGGTGTTCCATACACATATGTGCTTCCGTCTGTTGCACCACCGGCATACAATGCAGTGAATTACAGACCAAATGGTGCTGCTGGAGGAAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
tggtttg
- - - - - - - - - - - - tgtggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - attggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catacac