1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tatttagttttaagtatgatgaattatgcttgaactccttagtgttccaacaatttaatatatgaatccaagtttaatgttaattgcttctcttttgcagTTCTTTACATCAAAACCTTATGCCTGTGAACCCTCTAGCCTTCCAAAATATCCTCCCAGCAAGGAGATGGATACAAAGCTACGGGATGAAGAAGCTAGAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G38140.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tccaacaatttaatatatgaatccaagtttaatgttaattgcttctcttttgcagTTCTTTACATCAAAACCTTATGCCTGTGAACCCTCTAGCCTTCCAAAATATCCTCCCAGCAAGGAGATGGATACAAAGCTACGGGATGAAGAAGCTAGAA
tgttaat putative branch site (score: 3)
ttgcttctcttttgc CT-rich tract
aatttaatatatgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatttagttttaagtatgatgaattatgcttgaactccttagtgttccaacaatttaatatatgaatccaagtttaatgttaattgcttctcttttgcagTTCTTTACATCAAAACCTTATGCCTGTGAACCCTCTAGCCTTCCAAAATATCCTCCCAGCAAGGAGATGGATACAAAGCTACGGGATGAAGAAGCTAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - tgcttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttagtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaacaa