1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...actatactgctttcttagattgtagaggttaagatgtcatacttattcgtttcggtggtcatattttttccaactgactagtgaaatttaatccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAGAAAAGATCGAGGCAAAGCTGATGCCCCAATATATTCCATTCAGATATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G03360.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATG GAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAEST: gi|19270363|gb|BM886619.1|BM886619
genomic: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATGgtaatttttg ... atccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTA
EST: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATG GAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAEST: gi|20815004|gb|BQ299482.1|BQ299482
genomic: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATGgtaatttttg ... atccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTA
EST: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATG GAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAEST: gi|22522339|gb|BU081150.1|BU081150
genomic: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATGgtaatttttg ... atccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTA
EST: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATG GAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAEST: gi|5678007|gb|AI939137.1|AI939137
genomic: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATGgtaatttttg ... atccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTA
EST: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATG GAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAEST: gi|20812780|gb|BQ297258.1|BQ297258
genomic: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATGgtaatttttg ... atccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTA
EST: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATG GAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAEST: gi|19053187|gb|BM731854.1|BM731854
genomic: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATGgtaatttttg ... atccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTA
EST: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATG GAGGTTTTAATCAGEST: gi|21994672|gb|BQ786200.1|BQ786200
genomic: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATGgtaatttttg ... atccattcagGAGGTTTTAATCAG
EST: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATG GAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAEST: gi|20498211|gb|BQ273141.1|BQ273141
genomic: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATGgtaatttttg ... atccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTA
EST: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATG GAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAEST: gi|16349259|gb|BI974854.1|BI974854
genomic: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATGgtaatttttg ... atccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTA
EST: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATG GAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAEST: gi|20497978|gb|BQ272908.1|BQ272908
genomic: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATGgtaatttttg ... atccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTA
EST: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATG GAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAEST: gi|213595810|gb|DB966225.1|DB966225
genomic: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATGgtaatttttg ... atccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTA
EST: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATG GAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTA
genomic: AGCTGCAACTCAACTTGTCCCTAATGAAGAATTTGGAATTGCTTTTAATGgtaatttttg ... atccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTA
ttcgtttcggtggtcatattttttccaactgactagtgaaatttaatccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAGAAAAGATCGAGGCAAAGCTGATGCCCCAATATATTCCATTCAGATATG
tccattc CT-rich tract
tagtgaaatttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| actatactgctttcttagattgtagaggttaagatgtcatacttattcgtttcggtggtcatattttttccaactgactagtgaaatttaatccattcagGAGGTTTTAATCAGCCAATTATGTGCGGTGGTGAGCCAAGGGCCATGCTTAGAAAAGATCGAGGCAAAGCTGATGCCCCAATATATTCCATTCAGATATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT