1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gggaattaagaatagttttgtctctcttgtaactgttattgttgagttgatatgaattatttttattattaccattgatcaagtcagctcgcatttttagAATCTTATGCTAGCGGGGTCAGACACAACATCCACGACAATGACATGGACACTAGCCATGTTGATGAAGAACCCGCACGCTTTGAAGCGTGCACAAGAGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G11800.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gttgatatgaattatttttattattaccattgatcaagtcagctcgcatttttagAATCTTATGCTAGCGGGGTCAGACACAACATCCACGACAATGACATGGACACTAGCCATGTTGATGAAGAACCCGCACGCTTTGAAGCGTGCACAAGAGG
cattgat putative branch site (score: 4)
cattttt putative PPT
tatgaattatttttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gggaattaagaatagttttgtctctcttgtaactgttattgttgagttgatatgaattatttttattattaccattgatcaagtcagctcgcatttttagAATCTTATGCTAGCGGGGTCAGACACAACATCCACGACAATGACATGGACACTAGCCATGTTGATGAAGAACCCGCACGCTTTGAAGCGTGCACAAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - gtaactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caagtca