1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ccaagctaaatgttttatattagcttccatggtggaattaacataagtaattctggaatctgtaagaagaaattgcactaatatatgatcacttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGTGGAAAGAAGCATATTGTTGTTCTCTCCAGCTTAGATTTTGGAAAATGGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G13100.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAA-TATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAG
agtaattctggaatctgtaagaagaaattgcactaatatatgatcacttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGTGGAAAGAAGCATATTGTTGTTCTCTCCAGCTTAGATTTTGGAAAATGGC
cactaat putative branch site (score: 2)
taatatatgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccaagctaaatgttttatattagcttccatggtggaattaacataagtaattctggaatctgtaagaagaaattgcactaatatatgatcacttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGTGGAAAGAAGCATATTGTTGTTCTCTCCAGCTTAGATTTTGGAAAATGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
ccaagct
- - - - - - - - - - - gcttcca
- - - - - - - - - - - - - - -tggtgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgtaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcacta