1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aattaggatgttaggttgttgtcaacattgtagctcaaatggcattcctacccttaatcaagccttgtatgttaagaaaagtagaaattcaattatgcagTGGCTTATGCCTAGTGAAGGAGGTTATTTGGAGGCTGAAGGCTTGGAGAAGACATGGAGGATCAAACAGGAGGCAATAGCTCACGAAGTAGATATCTCAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G34390.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGAAGACTTATATGGAAAATCTGCTAAAGCTGCTGCTAAGGCTGAGAAG TGGCTTATGCCTAGTGAAGGAGGTTATTTGGAGGCTGAAGGCTTGGAGAAG
genomic: AGGAAGACTTATATGGAAAATCTGCTAAAGCTGCTGCTAAGGCTGAGAAGgttaattatt ... aattatgcagTGGCTTATGCCTAGTGAAGGAGGTTATTTGGAGGCTGAAGGCTTGGAGAAG
tcctacccttaatcaagccttgtatgttaagaaaagtagaaattcaattatgcagTGGCTTATGCCTAGTGAAGGAGGTTATTTGGAGGCTGAAGGCTTGGAGAAGACATGGAGGATCAAACAGGAGGCAATAGCTCACGAAGTAGATATCTCAA
ccttaat putative branch site (score: 4)
tagaaattcaattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aattaggatgttaggttgttgtcaacattgtagctcaaatggcattcctacccttaatcaagccttgtatgttaagaaaagtagaaattcaattatgcagTGGCTTATGCCTAGTGAAGGAGGTTATTTGGAGGCTGAAGGCTTGGAGAAGACATGGAGGATCAAACAGGAGGCAATAGCTCACGAAGTAGATATCTCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - -ggatgtt
- - - - - - - - tgttgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaaaa