1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...agtgtaatccaattaatgagaaactcaattttgtgtcagaaaataaaaagccacgtgaaatgtttaggcttacgcttacctttgaattgtaattatacagAATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAAGCAAAGCATGGGAGTGACTCTGGAGTTTATGACACAGAAGGACG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G33350.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCT AATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAAEST: gi|298185669|gb|HO030882.1|HO030882
genomic: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCTgtaagtcatt ... aattatacagAATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAA
EST: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCT AATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAAEST: gi|213591840|gb|DB973405.1|DB973405
genomic: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCTgtaagtcatt ... aattatacagAATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAA
EST: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCT AATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAAEST: gi|298192764|gb|HO033198.1|HO033198
genomic: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCTgtaagtcatt ... aattatacagAATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAA
EST: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTCACCCCACTCTACCT AATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAAEST: gi|298184162|gb|HO029375.1|HO029375
genomic: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCTgtaagtcatt ... aattatacagAATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAA
EST: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCT AATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAAEST: gi|298179629|gb|HO024844.1|HO024844
genomic: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCTgtaagtcatt ... aattatacagAATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAA
EST: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCT AATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAAEST: gi|298164832|gb|HO010829.1|HO010829
genomic: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCTgtaagtcatt ... aattatacagAATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAA
EST: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCT AATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACGTACACAAAEST: gi|298182340|gb|HO026515.1|HO026515
genomic: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCTgtaagtcatt ... aattatacagAATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAA
EST: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCT AATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAA
genomic: TTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCTgtaagtcatt ... aattatacagAATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAA
aaaagccacgtgaaatgtttaggcttacgcttacctttgaattgtaattatacagAATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAAGCAAAGCATGGGAGTGACTCTGGAGTTTATGACACAGAAGGACG
cgcttac putative branch site (score: 3)
tttgaattgtaattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtgtaatccaattaatgagaaactcaattttgtgtcagaaaataaaaagccacgtgaaatgtttaggcttacgcttacctttgaattgtaattatacagAATTGGTTCCCTTCTCTCCTTTTTCCTATCTACATACACAACATACACAAAGCAAAGCATGGGAGTGACTCTGGAGTTTATGACACAGAAGGACG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - -gagaaac
- - - - - - - - - - - - - - ttttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agccacg