1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...atggttgttctttttgataatgacccctttgccatggaaataatttctagatgcttttgatggagaaaatatgatcactgaattcttgcaattttgacagATATCAGGTGAAACAGTAGGTGAAGTGAGAATTGTTTCAGATATGCACGAGCGTAAAGCTGCCATGGCTCAAGAAGCTGATGCATTTGTTGCTCTCCCTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G05560.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG ATATCAGGTGAAACAGTAGGTGAAGTGAGAATTGTTTCAGATATGCACGAG
genomic: GATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAGgtatttgtac ... attttgacagATATCAGGTGAAACAGTAGGTGAAGTGAGAATTGTTTCAGATATGCACGAG
tctagatgcttttgatggagaaaatatgatcactgaattcttgcaattttgacagATATCAGGTGAAACAGTAGGTGAAGTGAGAATTGTTTCAGATATGCACGAGCGTAAAGCTGCCATGGCTCAAGAAGCTGATGCATTTGTTGCTCTCCCTG
ttttgat putative branch site (score: 4)
aaaatatgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atggttgttctttttgataatgacccctttgccatggaaataatttctagatgcttttgatggagaaaatatgatcactgaattcttgcaattttgacagATATCAGGTGAAACAGTAGGTGAAGTGAGAATTGTTTCAGATATGCACGAGCGTAAAGCTGCCATGGCTCAAGAAGCTGATGCATTTGTTGCTCTCCCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- ggttgtt
- - - - - - - - - - - -ccccttt
- - - - - - - - - - - - - - - -ccatgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatggag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cactgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcttgc