Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatataagcagggtctgctgattgttgcattttacttatgtgtgttatgagcctttaatgtatattggctttgatatatgtcgttgtttaatgcagTAAACTTATCAATGTTGCTGTGCCTGGGACTATAGATGAACGGACCATCAATTGCAAACGGAATCCTAGTTTTTGGGAGGTAAACGAGAACCATACTCTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G46580.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G46580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv19s0090g01440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtatataagcagggtctgctgattgttgcattttacttatgtgtgtta-tgagcctttaatgtatattggctttgatatatgtcgttgtttaatgcagTAAACTTATCAATGTTGCTGTGCCTGGGACTATAGATGAACGGACCATCAATTGCAAACGGAATCCTAGTTTTTGGGAGGTAAACGAGAACCATACTCTA
|||  |||||| ||||||||  |  |   | | |||||   | ||| | |||   |    ||  |  |       |||| | | || | || ||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||  | || ||   |||||||   |  | |   ||||||   || || |||||||| || 
gtacttaagcatggtctgct--tgataatactctactttgttatgtcaatgaatatgctgtggcttataaagaacatatgtcttgtggcttgatgcagTAAGCTTATCAACGTTGCAGTGCCAGGGACAATAGATGAACGAGCTATTAACACCAAACGGGTACTAAATCCATGGGAGAGGAATGAAAACCATACCCTT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgttatgagcctttaatgtatattggctttgatatatgtcgttgtttaatgcagTAAACTTATCAATGTTGCTGTGCCTGGGACTATAGATGAACGGACCATCAATTGCAAACGGAATCCTAGTTTTTGGGAGGTAAACGAGAACCATACTCTA
                                            gtttaat  putative branch site (score: 4)
            tttaatgtatatt  TA-rich tract