1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tttgacttgatagtatacatgaagtgtaagatattattgcagttgtactgaagctgctaagtgaactaattcaactaatttgatcattgggatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGACAGAGGAAGATAAGAAGGCAGCAGAGGAAAGGGAGGCTGCTAAAAAGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G44460.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|308098678|gb|HO760419.1|HO760419
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|9565730|gb|BE475239.1|BE475239
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|21889907|gb|BQ743120.1|BQ743120
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|192314010|gb|FK010346.1|FK010346
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAGGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|192314009|gb|FK010345.1|FK010345
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAGGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|254342849|gb|GR859011.1|GR859011
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|19052795|gb|BM731462.1|BM731462
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|7925296|gb|AW831322.1|AW831322
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|41145797|gb|CK606008.1|CK606008
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCCCTTTGGTGATGAGEST: gi|14259721|gb|BG882629.1|BG882629
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|38191164|gb|CF920370.1|CF920370
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|17022325|gb|BM093359.1|BM093359
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|298166777|gb|HO010216.1|HO010216
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTT-GGTGATGAGEST: gi|9259452|gb|BE347599.1|BE347599
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: AAGATTTAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|33388439|gb|CA851646.1|CA851646
genomic: AAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGNGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|18040489|gb|BM308783.1|BM308783
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|151409528|gb|EV279336.1|EV279336
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|9563902|gb|BE473411.1|BE473411
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|16519545|gb|BI347330.1|BI347330
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|4306961|gb|AI443979.1|AI443979
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|298194998|gb|HO043526.1|HO043526
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|298190179|gb|HO032300.1|HO032300
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGACTCAGTGGCGCCGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|17963362|gb|BM270112.1|BM270112
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|14259428|gb|BG882336.1|BG882336
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|41145960|gb|CK606171.1|CK606171
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|298169772|gb|HO021132.1|HO021132
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|192296967|gb|FG990283.1|FG990283
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|12689248|gb|BG155584.1|BG155584
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|6845830|gb|AW348120.1|AW348120
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|298198832|gb|HO042195.1|HO042195
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|298169624|gb|HO020984.1|HO020984
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|13791524|gb|BG654115.1|BG654115
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|192332130|gb|FK024590.1|FK024590
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGEST: gi|298190147|gb|HO032268.1|HO032268
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
EST: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCG GCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
genomic: TAAGATTCAGTGGCGCTGCTGCTCCAGCTGAAGCTGCACCTGCCAAAGCGgtatgctttt ... gatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAG
tactgaagctgctaagtgaactaattcaactaatttgatcattgggatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGACAGAGGAAGATAAGAAGGCAGCAGAGGAAAGGGAGGCTGCTAAAAAGC
taattcaactaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttgacttgatagtatacatgaagtgtaagatattattgcagttgtactgaagctgctaagtgaactaattcaactaatttgatcattgggatttgttagGCTGCCACTGCTGAAGAAGATGATGATGATCTTGATCTCTTTGGTGATGAGACAGAGGAAGATAAGAAGGCAGCAGAGGAAAGGGAGGCTGCTAAAAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT