Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtacattttaaaacttggttgccatatagtgctgttatgtccaaattattgtttatttggatatttggactatattgtcacttttgtatattcatatcaagatttttaaattgggattttgacaattttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACACAAAAGGTCGATTCCGTCTCCACTCTGTAAGGGATGAAGAGTCAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G31270.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G31270.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0004g07150.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtatgtacattttaaaacttggttgccatatagtgctgttatgtccaaattattgtttatttggatatttggactatattgtcacttttgtatattcatatcaagatttttaaattgggattttgacaattttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACACAAAAGGTCGATTCCGTCTCCACTCTGTAAGGGATGAAGAGTCAAAG
                                   || ||||||   |||  |  ||   || | |||   ||  ||| |||    ||||  |  ||  |   |  ||   | |     |||||      |    ||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| || || ||||| || || || || |||||||||||  | |||||||||||| | |||
---------------------------------ctctattatgtgagaatgtt--ttagctttgttat---gagcatagtgttcgatttgcttgatcgaagacaagttaggataactt-attttacttgctcattccagATGTTGTGTCAATTCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGTCTGCTTTACGACACCAAGGGCCGGTTTCGTCTCCACTCAATTAGGGATGAAGAGGCTAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298173349|gb|HO016685.1|HO016685
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|19054282|gb|BM732949.1|BM732949
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|13788286|gb|BG650878.1|BG650878
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|22932861|gb|BU550000.1|BU550000
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACNNTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCNGNNNACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|17022544|gb|BM093578.1|BM093578
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|21888286|gb|BQ741499.1|BQ741499
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|8283646|gb|BE021205.1|BE021205
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|213604822|gb|DB956135.1|DB956135
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|8827979|gb|BE211709.1|BE211709
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298169248|gb|HO020608.1|HO020608
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298182749|gb|HO031484.1|HO031484
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|26268188|gb|CA819251.1|CA819251
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|18041325|gb|BM309619.1|BM309619
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|19053906|gb|BM732573.1|BM732573
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|7926146|gb|AW832172.1|AW832172
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|209720298|gb|BW669258.1|BW669258
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|8827265|gb|BE210995.1|BE210995
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298188320|gb|HO035013.1|HO035013
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|15203821|gb|BI426589.1|BI426589
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298188025|gb|HO031982.1|HO031982
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|192298439|gb|FG988455.1|FG988455
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|14259674|gb|BG882582.1|BG882582
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|9985684|gb|BE659792.1|BE659792
EST:     AGGACAGACAAGACATANNNNGCNGGTTTCATGG                         ATGTTGTNNCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTNNNTCTACTGTATGACA
genomic: AGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|192332454|gb|FK024215.1|FK024215
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298190414|gb|HO032535.1|HO032535
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|213618374|gb|DB969372.1|DB969372
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|13481264|gb|BG510607.1|BG510607
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|4289606|gb|AI437495.1|AI437495
EST:     GACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: GACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|15813058|gb|BI785333.1|BI785333
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|192298477|gb|FG988478.1|FG988478
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|13790420|gb|BG653011.1|BG653011
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298174877|gb|HO014794.1|HO014794
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298194963|gb|HO043435.1|HO043435
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|16348683|gb|BI974269.1|BI974269
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298197068|gb|HO041811.1|HO041811
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttttgtatattcatatcaagatttttaaattgggattttgacaattttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACACAAAAGGTCGATTCCGTCTCCACTCTGTAAGGGATGAAGAGTCAAAG
                                    ttttgac  putative branch site (score: 3)
      tatattcatatcaaga  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtacattttaaaacttggttgccatatagtgctgttatgtccaaattattgtttatttggatatttggactatattgtcacttttgtatattcatatcaagatttttaaattgggattttgacaattttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACACAAAAGGTCGATTCCGTCTCCACTCTGTAAGGGATGAAGAGTCAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA