Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttttcttatccttgttttcttgaactctacaaagttcacttccaaatcttttaatagttttttttttttggctagtatgtattctcttagtgttctaataatctttatattttatgctaattcagGTATGCGTCACGAGTGAGATCAATTGTGAACGATCCGAGCAAAAATGTTTCTTCCAAAGAGATAGCTCGACTAAAGAAAATGATTGCATATTGGAAGGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G09480.1
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31460359|gb|CD402327.1|CD402327
EST:     CATAACTCTCTAAT                         GTATGCGTCACGAGTGAGATCAATTGTGAACGATCCGAGCAAAAATGTTTC
genomic: CATAACTCTCTAATgtatgttttt ... gctaattcagGTATGCGTCACGAGTGAGATCAATTGTGAACGATCCGAGCAAAAATGTTTC
EST: gi|10256321|gb|BE824087.1|BE824087
EST:     AATGTATCTCCAGTAGAATCAAGCTTGGATGAAACACATAACTCTCTAAT                         GTATGCGTCACGAGTGAGATCAATTGTGAACGATCCGAGCAAAAATGTTTC
genomic: AATGTATCTCCAGTAGAATCAAGCTTGGATGAAACACATAACTCTCTAATgtatgttttt ... gctaattcagGTATGCGTCACGAGTGAGATCAATTGTGAACGATCCGAGCAAAAATGTTTC
EST: gi|58014931|gb|CX701673.1|CX701673
EST:     AATGTATCTCCAGTAGAATCAAGCTTGGATGAAACACATAACTCTCTAAT                         GTATGCGTCACGAGTGAGATCAATTGTGAACGATCCGAGCAAAAATGTTTC
genomic: AATGTATCTCCAGTAGAATCAAGCTTGGATGAAACACATAACTCTCTAATgtatgttttt ... gctaattcagGTATGCGTCACGAGTGAGATCAATTGTGAACGATCCGAGCAAAAATGTTTC
EST: gi|58022523|gb|CX709264.1|CX709264
EST:     AATGTATCTCCAGTAGAATCAAGCTTGGATGAAACACATAACTCTCTAAT                         GTATGCGTCACGAGTGAGATCAATTGTGAACGATCCGAGCAAAAATGTTTC
genomic: AATGTATCTCCAGTAGAATCAAGCTTGGATGAAACACATAACTCTCTAATgtatgttttt ... gctaattcagGTATGCGTCACGAGTGAGATCAATTGTGAACGATCCGAGCAAAAATGTTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctagtatgtattctcttagtgttctaataatctttatattttatgctaattcagGTATGCGTCACGAGTGAGATCAATTGTGAACGATCCGAGCAAAAATGTTTCTTCCAAAGAGATAGCTCGACTAAAGAAAATGATTGCATATTGGAAGGAG
                                            tgctaat  putative branch site (score: 2)
                      ttctaataatctttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtttttcttatccttgttttcttgaactctacaaagttcacttccaaatcttttaatagttttttttttttggctagtatgtattctcttagtgttctaataatctttatattttatgctaattcagGTATGCGTCACGAGTGAGATCAATTGTGAACGATCCGAGCAAAAATGTTTCTTCCAAAGAGATAGCTCGACTAAAGAAAATGATTGCATATTGGAAGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG