1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...catgttggatatttaaagacaaaaaaatttgtaaactaatctttgcacattagttttggcctctctgcctattggattgatgcatgtttcattattgcagGATTGGCTGGTTTATCAACTGCAAAATATTTGGCTGATGCTGGGCATAAACCTATATTGCTGGAAGCAAGAGACGTTCTAGGTGGAAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G36810.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTTCTCCGCGTCCACTAAAACCCTTGAACATCGTTATTGCTGGCGCAG GATTGGCTGGTTTATCAACTGCAAAATATTTGGCTGATGCTGGGCATAAACEST: gi|15589813|gb|BI674429.1|BI674429
genomic: TGCTTCTCCGCGTCCACTAAAACCCTTGAACATCGTTATTGCTGGCGCAGgtattaacct ... attattgcagGATTGGCTGGTTTATCAACTGCAAAATATTTGGCTGATGCTGGGCATAAAC
EST: TGCTTCTCCGCGTCCACTAAAACCCTTGAACATCGTTATTGCTGGCGCAG GATTGGCTGGTTTATCAACTGCAAAATATTTGGCTGATGCTGGGCATAAAC
genomic: TGCTTCTCCGCGTCCACTAAAACCCTTGAACATCGTTATTGCTGGCGCAGgtattaacct ... attattgcagGATTGGCTGGTTTATCAACTGCAAAATATTTGGCTGATGCTGGGCATAAAC
cacattagttttggcctctctgcctattggattgatgcatgtttcattattgcagGATTGGCTGGTTTATCAACTGCAAAATATTTGGCTGATGCTGGGCATAAACCTATATTGCTGGAAGCAAGAGACGTTCTAGGTGGAAAG
gattgat putative branch site (score: 4)
tttcatt putative PPT
tttcattatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| catgttggatatttaaagacaaaaaaatttgtaaactaatctttgcacattagttttggcctctctgcctattggattgatgcatgtttcattattgcagGATTGGCTGGTTTATCAACTGCAAAATATTTGGCTGATGCTGGGCATAAACCTATATTGCTGGAAGCAAGAGACGTTCTAGGTGGAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
catgttg
- - - - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgtt