Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctcctttgctggtgtctttttattatttgtttctttttaatctcgaattccctgctcctaatattttctgctctttcttatcacttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G13100.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151395351|gb|EV265222.1|EV265222
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|31561814|gb|CD487652.1|CD487652
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|51335190|gb|CO979056.1|CO979056
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|298196651|gb|HO041394.1|HO041394
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|151399130|gb|EV269001.1|EV269001
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|298188836|gb|HO035529.1|HO035529
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTTTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|208045864|gb|GD848154.1|GD848154
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|57574613|gb|CX547588.1|CX547588
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCTTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|58023165|gb|CX709906.1|CX709906
EST:     GATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCT-GCTTCTCCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: GATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGC-TCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|208086055|gb|GD885095.1|GD885095
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGNTCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|193490406|gb|FK456357.1|FK456357
EST:     TCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|6666082|gb|AW277541.1|AW277541
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|192298008|gb|FG993242.1|FG993242
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|298199338|gb|HO042701.1|HO042701
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|18039874|gb|BM308168.1|BM308168
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|213596494|gb|DB962054.1|DB962054
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|192295265|gb|FG986984.1|FG986984
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|19052856|gb|BM731523.1|BM731523
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|192298714|gb|FG988595.1|FG988595
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|151400466|gb|EV270280.1|EV270280
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|58020212|gb|CX706954.1|CX706954
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
EST: gi|298174081|gb|HO017417.1|HO017417
EST:     TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAG                         CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG
genomic: TGATGCTTATGGACCCTTTCCTCAAGGAGACCTGGCTCTTCCTCTTGAAGgtgctccttt ... ttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atctcgaattccctgctcctaatattttctgctctttcttatcacttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG
                tcctaat  putative branch site (score: 2)
                      tattttctgctctttc  CT-rich tract
                   taatattttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgctcctttgctggtgtctttttattatttgtttctttttaatctcgaattccctgctcctaatattttctgctctttcttatcacttttttgcagCTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA