1 5' 3' | 2 5' 3' |
...tgaatagaaatagaattttgggtgcacgcagttttatttgaactgcatgcagagaatcatggatcctgttccgcgtgacgggtgttgctcatgtacacagGTACCTGTAGCTTCCCTAGTGGGTAAAACAATTGGACTCTACTTCTCAGCGGAATGGTGCGTCCCATGCGCCAAGTTCACTCCCAAGCTGATTTCCGTTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G02330.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAGTCACACTCACACGGGACTCAAAAAG GTACCTGTAGCTTCCCTAGTGGGCCAAA-AATTGGACTCTACTTCTCAGCGEST: gi|6666201|gb|AW277660.1|AW277660
genomic: TGAGTCACACTCACACGGGACTCAAAAAGgtaaatggct ... atgtacacagGTACCTGTAGCTTCCCTAGTGGGTAAAACAATTGGACTCTACTTCTCAGCG
EST: ACCACCATAGAGACTACGTTTTGAGTCACACTCACACGGGACTCAAAAAG GTACCTGTAGCTTCCCTAGTGGGTAAAACAATTGGACTCTACTTCTCAGCGEST: gi|151409587|gb|EV279395.1|EV279395
genomic: ACCACCATAGAGACTACGTTTTGAGTCACACTCACACGGGACTCAAAAAGgtaaatggct ... atgtacacagGTACCTGTAGCTTCCCTAGTGGGTAAAACAATTGGACTCTACTTCTCAGCG
EST: ACCACCATAGAGACTACGTTTTGAGTCACACTCACACGGGACTCAAAAAG GTACCTGTAGCTTCCCTAGTGGGTAAAACAATTGGACTCTACTTCTCAGCG
genomic: ACCACCATAGAGACTACGTTTTGAGTCACACTCACACGGGACTCAAAAAGgtaaatggct ... atgtacacagGTACCTGTAGCTTCCCTAGTGGGTAAAACAATTGGACTCTACTTCTCAGCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgaatagaaatagaattttgggtgcacgcagttttatttgaactgcatgcagagaatcatggatcctgttccgcgtgacgggtgttgctcatgtacacagGTACCTGTAGCTTCCCTAGTGGGTAAAACAATTGGACTCTACTTCTCAGCGGAATGGTGCGTCCCATGCGCCAAGTTCACTCCCAAGCTGATTTCCGTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- aatagaaa
- - - - - - - - -ttgggtg
- - - - - - - - - - - - cacgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcgtgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggtgtt