Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttacttttgtactttttatgttttctctttgtttacatgggacttttatctctgttctagttctaatatttatgccaattcagAGGCACGGGGTTGAATCCTATGCACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTGCAAGTGGAGTCAAACCATGATTCACATGGTCATGAGGAATTTGAGTTCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G12120.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209712504|gb|BW653687.1|BW653687
EST:     CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTA-TTTGAAGAAGCAACATGAAGCT                         AGGCACGGGGTTGAATCCTATGCACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
genomic: CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttac ... gccaattcagAGGCACGGGGTTGAATCCTATGCACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
EST: gi|58021625|gb|CX708366.1|CX708366
EST:     CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCT                         AGGCACGGGGTTGAATCCTATGCACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
genomic: CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttac ... gccaattcagAGGCACGGGGTTGAATCCTATGCACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
EST: gi|254323448|gb|GR840145.1|GR840145
EST:     CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCT                         AGGCACGGGGTTGAATCCTATGCACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
genomic: CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttac ... gccaattcagAGGCACGGGGTTGAATCCTATGCACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
EST: gi|207712323|gb|GD692793.1|GD692793
EST:     CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCT                         AGGCACGGGGTT
genomic: CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttac ... gccaattcagAGGCACGGGGTT
EST: gi|193534153|gb|FK488650.1|FK488650
EST:     CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCT                         AGGCACGGGGTTGAATCCTATGCACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
genomic: CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttac ... gccaattcagAGGCACGGGGTTGAATCCTATGCACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtttacatgggacttttatctctgttctagttctaatatttatgccaattcagAGGCACGGGGTTGAATCCTATGCACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTGCAAGTGGAGTCAAACCATGATTCACATGGTCATGAGGAATTTGAGTTCA
                                ttctaat  putative branch site (score: 2)
                             tagttctaatatttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcttacttttgtactttttatgttttctctttgtttacatgggacttttatctctgttctagttctaatatttatgccaattcagAGGCACGGGGTTGAATCCTATGCACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTGCAAGTGGAGTCAAACCATGATTCACATGGTCATGAGGAATTTGAGTTCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG