Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtctacattttttaatgtagtattgccatcaaatttgtgaatcactttaattgtaacatttgttaatttcatttttgtgcagGTATCATAATGTGAATATTAATGTTGCTGTGCAGACAGATAATGGGCTCTTTGTTCCAGTTGTCAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G00590.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G00590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv09s0002g01800.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
gtaagtctacattttttaatgt-agtattgccatcaaatttgtgaatcactt-taattgtaacatttgttaatttcatttttgtgcagGTATCATAATGTGAATATTAATGTTGCTGTGCAGACAGATAATGGGCTCTTTGTTCCAGTTGTCAGG
||||||      | ||  |||| |  ||||| ||  ||||     ||||| |  | |  |||||||| |   |||     |  | |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||  ||| |
gtaagtaatagatcttagatgttaacattgctatttaattaccatatcacatacactcttaacatttttctttttgggactaatccagGTACCACAATGTGAATATCAATGTTGCTGTGCAGACGGATAATGGACTCTTTGTCCCCGTCATCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10844907|gb|BF071036.1|BF071036
EST:     CGTANAGTTCCTCAATGTAACAGTTCATGGGCAAATGATTATATTCGCCA                         GTATCATAATGTGAATATTAATGTTGCTGTGCAGACAGATAATGGGCTCTT
genomic: CGTAAAGTTCCTCAATGTAACAGTTCATGGGCAAATGATTATATTCGCCAgtaagtctac ... ttttgtgcagGTATCATAATGTGAATATTAATGTTGCTGTGCAGACAGATAATGGGCTCTT
EST: gi|192329901|gb|FK021487.1|FK021487
EST:     CGTAAAGTTCCTCAATGTAACAGTTCATGGGCAAATGATTATATTCGCCA                         GTATCATAATGTGAATATTAATGTTGCTGTGCAGACAGATAATGGGCTCTT
genomic: CGTAAAGTTCCTCAATGTAACAGTTCATGGGCAAATGATTATATTCGCCAgtaagtctac ... ttttgtgcagGTATCATAATGTGAATATTAATGTTGCTGTGCAGACAGATAATGGGCTCTT
EST: gi|151404893|gb|EV274707.1|EV274707
EST:     CGTAAAGTTCCTCAATGTAACAGTTCATGGGCAAATGATTATATTCGCCA                         GTATCATAATGTGAATATCAATGTTGCTGTGCAGACAGATAATGGGCTCTT
genomic: CGTAAAGTTCCTCAATGTAACAGTTCATGGGCAAATGATTATATTCGCCAgtaagtctac ... ttttgtgcagGTATCATAATGTGAATATTAATGTTGCTGTGCAGACAGATAATGGGCTCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcaaatttgtgaatcactttaattgtaacatttgttaatttcatttttgtgcagGTATCATAATGTGAATATTAATGTTGCTGTGCAGACAGATAATGGGCTCTTTGTTCCAGTTGTCAGG
                                       tttcattttt  CT-rich tract
                  tttaattgtaacattt  TA-rich tract