Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcagtatctcgtcgtcttgttctattttttttagatgaagtttttattaattgcacttgtttttattctcagGTTGGATTGGAATTGTTCCCAAGAGATTATGACATGGAGTCCAGTAAGCCCTTTGGGGAAAATGATATTATCAGCCTGGTTCCTGTTTGCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G22850.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G22850.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv09s0002g07530.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
gtatcagtatctcgtcgtcttgttctattttttttagatgaagtttttattaattgcacttgtttttattct--cagGTTGGATTGGAATTGTTCCCAAGAGATTATGACATGGAGTCCAGTAAGCCCTTTGGGGAAAATGATATTATCAGCCTGGTTCCTGTTTGCAAG
||||   |  ||| | | ||  |||||  | |||    ||     |  |||| ||  |||     ||||| |  |||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||| | |   || |||||  || || |||| ||||||||| |||||||||| || |||
gtat-gatgcctctttgactgcttctagctatttatcttgttcaatacatta-ttttactaaaaattattttggcagGTTGGGTTGGAGTTGGTTCCAAGAGATTATGACATGGAATGCCCAAACCCCTTCAGGAAACATGACATTATCAGCATGGTTCCTGTGTGTAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttctattttttttagatgaagtttttattaattgcacttgtttttattctcagGTTGGATTGGAATTGTTCCCAAGAGATTATGACATGGAGTCCAGTAAGCCCTTTGGGGAAAATGATATTATCAGCCTGGTTCCTGTTTGCAAG
                           tattaat  putative branch site (score: 2)
                                      cttgtttttattctc  putative PPT
     tattttttttagatga  TA-rich tract