1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtatgaccctttgttcattgtaagcaattacgattttgaattgaatacattgtcaaaagcaataagttagtgacttaaaaattcatgaaatttagagtttgaagggaaattgaaatttttatgcaaaaattaacctgacttgtgatgaggaagttactggtttgatgttcacaactcattttgttactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAATTACTAAGGAGAGTTTTGAGAGATCAAATGAAGCGTGAGCTATCAATTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G11980.1 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAAG GTGAGCCTTGTTAAAAEST: gi|208341381|gb|GE139035.1|GE139035
genomic: GAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAA-Ggtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAA
EST: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGEST: gi|207778584|gb|GD750603.1|GD750603
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTG
EST: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAAEST: gi|193325897|gb|FK291008.1|FK291008
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAA
EST: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCCGAACAGCTTCCAACAAEST: gi|193408352|gb|FK371908.1|FK371908
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCC-GAACAGCTTCCAACAA
EST: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAAEST: gi|207786519|gb|GD756588.1|GD756588
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: GCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAEST: gi|193680472|gb|FK624378.1|FK624378
genomic: GCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTG-TTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAA
EST: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGEST: gi|208309982|gb|GE109752.1|GE109752
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTG
EST: CCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAAEST: gi|6848074|gb|AW350364.1|AW350364
genomic: CCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAAEST: gi|193329328|gb|FK296538.1|FK296538
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAAEST: gi|193357180|gb|FK321496.1|FK321496
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAAEST: gi|58018254|gb|CX704996.1|CX704996
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAAEST: gi|207764865|gb|GD738568.1|GD738568
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: CCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAAEST: gi|193358146|gb|FK322742.1|FK322742
genomic: CCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAAEST: gi|208153574|gb|GD951799.1|GD951799
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAAEST: gi|208319482|gb|GE117633.1|GE117633
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: CCATTCAAAGCTAACCTTTAATCCTTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAAEST: gi|207811266|gb|GD783397.1|GD783397
genomic: CCATTCAAAGC-AACC-TTAATCC-TTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAA
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAA
ttgtgatgaggaagttactggtttgatgttcacaactcattttgttactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAATTACTAAGGAGAGTTTTGAGAGATCAAATGAAGCGTGAGCTATCAATTC
gtttgat putative branch site (score: 5)
ttttgtt putative PPT
attttgttacttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgaccctttgttcattgtaagcaattacgattttgaattgaatacattgtcaaaagcaataagttagtgacttaaaaattcatgaaatttagagtttgaagggaaattgaaatttttatgcaaaaattaacctgacttgtgatgaggaagttactggtttgatgttcacaactcattttgttactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAATTACTAAGGAGAGTTTTGAGAGATCAAATGAAGCGTGAGCTATCAATTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC