1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
...ttctgcttataagtatttactggtggtacttcaacagcctgtgtgttttcactgttgtgttctgtagactttccaattgagccagtacttgtcttgtcagGTTTCTAAGTCTGATGTTGAAGCAGCTTTGAAGGTTCTAAATTTTGCAATATATCACAAAGAACTGACAGAAATGGAGGAGCGTGAGCAAGAGAGGGAGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G08920.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCATAATACGTCTCTCAACAGCTCATGCCAAATTGAAGTTGAGCAGAGAG GTTTCTAAGTCTGATGTTGAAGCAGCTTTGAAGGTTCTAAATTTTGCAATAEST: gi|193364724|gb|FK329355.1|FK329355
genomic: CCATAATACGTCTCTCAACAGCTCATGCCAAATTGAAGTTGAGCAGAGAGgtacttgact ... gtcttgtcagGTTTCTAAGTCTGATGTTGAAGCAGCTTTGAAGGTTCTAAATTTTGCAATA
EST: CCATAATACGTCTCTCAACAGCTCATGCCAAATTGAAGTTGAGCAGAGAG GTTTCAAAGTCTGATGTTGAAGCTGCTTTGAAGGTTCTAAATTTTGCAATAEST: gi|208246480|gb|GE047970.1|GE047970
genomic: CCATAATACGTCTCTCAACAGCTCATGCCAAATTGAAGTTGAGCAGAGAGgtacttgact ... gtcttgtcagGTTTCTAAGTCTGATGTTGAAGCAGCTTTGAAGGTTCTAAATTTTGCAATA
EST: CCATAATACGTCTCTCAACAGCTCATGCCAAATTGAAGTTGAGCAGAGAG GTTTCAAAGTCTGATGTTGAAGCTGCTTTGAAGGTTCTAAATTTTGCAATAEST: gi|193563800|gb|FK517923.1|FK517923
genomic: CCATAATACGTCTCTCAACAGCTCATGCCAAATTGAAGTTGAGCAGAGAGgtacttgact ... gtcttgtcagGTTTCTAAGTCTGATGTTGAAGCAGCTTTGAAGGTTCTAAATTTTGCAATA
EST: CCATAATACGTCTCTCAACAGCTCATGCCAAATTGAAGTTGAGCAGAGAG GTTTCAAAGTCTGATGTTGAAGCTGCTTTGAAGGTTCTAAATTTTGCAATA
genomic: CCATAATACGTCTCTCAACAGCTCATGCCAAATTGAAGTTGAGCAGAGAGgtacttgact ... gtcttgtcagGTTTCTAAGTCTGATGTTGAAGCAGCTTTGAAGGTTCTAAATTTTGCAATA
ttttcactgttgtgttctgtagactttccaattgagccagtacttgtcttgtcagGTTTCTAAGTCTGATGTTGAAGCAGCTTTGAAGGTTCTAAATTTTGCAATATATCACAAAGAACTGACAGAAATGGAGGAGCGTGAGCAAGAGAGGGAGA
cttgtctt CT-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctgcttataagtatttactggtggtacttcaacagcctgtgtgttttcactgttgtgttctgtagactttccaattgagccagtacttgtcttgtcagGTTTCTAAGTCTGATGTTGAAGCAGCTTTGAAGGTTCTAAATTTTGCAATATATCACAAAGAACTGACAGAAATGGAGGAGCGTGAGCAAGAGAGGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
ttctgct
- - - - - - - - - - tggtggt
- - - - - - - - - - - - - - - -caacagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctttcca