1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtagcatatattctatatcttctttcattggactatttattttggagtttaatttatgattgaacttcatgattttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTAGTTCAATCTTTACCCAAAGACCTGGAACTATATTCAAGTGGATTGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G19670.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|209706452|gb|BW680739.1|BW680739
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|16346239|gb|BI971834.1|BI971834
genomic: TCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|254316181|gb|GR827718.1|GR827718
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|9259222|gb|BE347430.1|BE347430
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|20449673|gb|BQ253797.1|BQ253797
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: GTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|193511086|gb|FK468971.1|FK468971
genomic: GTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGEST: gi|8827562|gb|BE211292.1|BE211292
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAA-CAATTCTGTACCTCAAGGATTAAG
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|22932160|gb|BU549299.1|BU549299
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|20448705|gb|BQ252829.1|BQ252829
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|31466759|gb|CD408787.1|CD408787
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: AGTTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|254335833|gb|GR847361.1|GR847361
genomic: AG-TTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: AGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGACCAATTCTGTACTTCAAGGATTAAGTEST: gi|22932883|gb|BU550022.1|BU550022
genomic: AGTTAAAGAAGAATTGTTTGGT-CCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|7795093|gb|AW780490.1|AW780490
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|207767920|gb|GD740332.1|GD740332
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|31463990|gb|CD406018.1|CD406018
genomic: TTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|193615341|gb|FK564765.1|FK564765
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|193472436|gb|FK438643.1|FK438643
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAEST: gi|5677082|gb|AI938212.1|AI938212
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTA
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|254315874|gb|GR825683.1|GR825683
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|254316180|gb|GR827717.1|GR827717
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|10255898|gb|BE823664.1|BE823664
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|19936658|gb|BQ080961.1|BQ080961
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|254335832|gb|GR847360.1|GR847360
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|192309267|gb|FG999144.1|FG999144
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTAC-TCAAGGAT-AAGTEST: gi|12773669|gb|BG238596.1|BG238596
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|208314647|gb|GE112191.1|GE112191
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGGACAATTCTGTACCTEST: gi|192309268|gb|FG999145.1|FG999145
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|193407360|gb|FK372693.1|FK372693
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAGGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGCTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|20812239|gb|BQ296717.1|BQ296717
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|9259105|gb|BE347252.1|BE347252
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|298186164|gb|HO036797.1|HO036797
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|15813675|gb|BI785950.1|BI785950
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|19934585|gb|BQ079615.1|BQ079615
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|209718197|gb|BW657829.1|BW657829
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
ggactatttattttggagtttaatttatgattgaacttcatgattttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTAGTTCAATCTTTACCCAAAGACCTGGAACTATATTCAAGTGGATTGG
gtttaat putative branch site (score: 4)
ttttctactt putative PPT
atttattttggagttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagcatatattctatatcttctttcattggactatttattttggagtttaatttatgattgaacttcatgattttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTAGTTCAATCTTTACCCAAAGACCTGGAACTATATTCAAGTGGATTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA