1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...caataaatgttcattgtgatatataatacaattcttttggtataaacaaattattttttaggctttctaatttgtttgatccctttgaccaatgtgacagCCAGAGGATGTTGCTTGTGTTGGTGAAGTGGGCTTGTTTCCAATATATATGGGAGCAACTGATAGATTGCTTAATGCGGATAATGAGGAGGTTTACTTTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G11980.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATCAATGACAACTGGTTTGGTCATCCTTGACGAAAATGGAGTTCCTTAT CCAGAGGATGTTGCTTGTGTTGGTGAAGTGGGCTTGTTTCCAATATATATGEST: gi|6848074|gb|AW350364.1|AW350364
genomic: CATCAATGACAACTGGTTTGGTCATCCTTGACGAAAATGGAGTTCCTTATgtaagaactt ... aatgtgacagCCAGAGGATGTTGCTTGTGTTGGTGAAGTGGGCTTGTTTCCAATATATATG
EST: GACGAAAATGGAGTTCCTTAT CCAGAGGATGTTGCTTGTGTTNNNNNNGTGGGCTTGTTTCCAATATATATGEST: gi|58018254|gb|CX704996.1|CX704996
genomic: GACGAAAATGGAGTTCCTTATgtaagaactt ... aatgtgacagCCAGAGGATGTTGCTTGTGTTGGTGAAGTGGGCTTGTTTCCAATATATATG
EST: CATCAATGACAACTGGTTTGGTCATCCTTGACGAAAATGGAGTTCCTTAT CCAGAGGATGTTGCTTGTGTTGGTGAAGTGGGCTTGTTTCCAATATATATGEST: gi|15815389|gb|BI787664.1|BI787664
genomic: CATCAATGACAACTGGTTTGGTCATCCTTGACGAAAATGGAGTTCCTTATgtaagaactt ... aatgtgacagCCAGAGGATGTTGCTTGTGTTGGTGAAGTGGGCTTGTTTCCAATATATATG
EST: CATCAATGACAACTGGTTTGGTCATCCTTGACGAAAATGGAGTTCCTTAT CCAGAGGATGTTGCTTGTGTTGGTGAAGTGGGCTTGTTTCCAATATATATGEST: gi|192295038|gb|FG986757.1|FG986757
genomic: CATCAATGACAACTGGTTTGGTCATCCTTGACGAAAATGGAGTTCCTTATgtaagaactt ... aatgtgacagCCAGAGGATGTTGCTTGTGTTGGTGAAGTGGGCTTGTTTCCAATATATATG
EST: CATCAATGACAACTGGTTTGGTCATCCTTGACGAAAATGGAGTTCCTTAT CCAGAGGATGTTGCTTGTGTTGGTGAA
genomic: CATCAATGACAACTGGTTTGGTCATCCTTGACGAAAATGGAGTTCCTTATgtaagaactt ... aatgtgacagCCAGAGGATGTTGCTTGTGTTGGTGAA
acaaattattttttaggctttctaatttgtttgatccctttgaccaatgtgacagCCAGAGGATGTTGCTTGTGTTGGTGAAGTGGGCTTGTTTCCAATATATATGGGAGCAACTGATAGATTGCTTAATGCGGATAATGAGGAGGTTTACTTTA
tttctaatttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caataaatgttcattgtgatatataatacaattcttttggtataaacaaattattttttaggctttctaatttgtttgatccctttgaccaatgtgacagCCAGAGGATGTTGCTTGTGTTGGTGAAGTGGGCTTGTTTCCAATATATATGGGAGCAACTGATAGATTGCTTAATGCGGATAATGAGGAGGTTTACTTTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - -cttttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccctttg