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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cacccctcactattttccatttatactctagtttttagtgtttttcattatagtagacttgccattctaatatctattggttcttttccgttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGAACTTATTTCCACAATAACAGAAAAGAAATCTTGGACTAGACCACCAATT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G23670.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208053954|gb|GD854833.1|GD854833
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208282331|gb|GE075095.1|GE075095
EST:     CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208168233|gb|GD972563.1|GD972563
EST:     ATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: ATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193314286|gb|FK280129.1|FK280129
EST:     GGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|51335623|gb|CO979489.1|CO979489
EST:     ACATCTGGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: ACATCTGGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193712423|gb|FK650146.1|FK650146
EST:     CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193721747|gb|FK658231.1|FK658231
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCGGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193303352|gb|FK272574.1|FK272574
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208139529|gb|GD937287.1|GD937287
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208165909|gb|GD959865.1|GD959865
EST:     CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193633156|gb|FK578780.1|FK578780
EST:     GGCCGGGCAAAATACTAATGCTTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATAC-AATGC-TTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193458729|gb|FK425050.1|FK425050
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|207727113|gb|GD701091.1|GD701091
EST:     CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193550173|gb|FK510206.1|FK510206
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTTGGTTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTG
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTG-TTTGG-TTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTG
EST: gi|193512848|gb|FK468618.1|FK468618
EST:     CTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: CTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208232458|gb|GE035823.1|GE035823
EST:     CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|207765414|gb|GD738179.1|GD738179
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTG
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGG-TTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTG
EST: gi|193552463|gb|FK510340.1|FK510340
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208340692|gb|GE133628.1|GE133628
EST:     GGCCGGGCAAAATACTAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATAC-AATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|207839235|gb|GD812508.1|GD812508
EST:     GGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193384877|gb|FK353235.1|FK353235
EST:     CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208045415|gb|GD841167.1|GD841167
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193534797|gb|FK490445.1|FK490445
EST:     CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193609555|gb|FK564839.1|FK564839
EST:     TTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: TTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208219909|gb|GE016275.1|GE016275
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATTGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAA-TGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|207763849|gb|GD737566.1|GD737566
EST:     CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208313882|gb|GE114268.1|GE114268
EST:     GGCCGGGCAAAATACTAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATAC-AATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|58024124|gb|CX710865.1|CX710865
EST:     GTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193619273|gb|FK571701.1|FK571701
EST:     CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193697374|gb|FK641106.1|FK641106
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208115654|gb|GD908561.1|GD908561
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208225369|gb|GE022274.1|GE022274
EST:     GGCCGGGGCAAAATACTAATTGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCC-GGGCAAAATAC-AA-TGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193308740|gb|FK273574.1|FK273574
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208326318|gb|GE121484.1|GE121484
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193454201|gb|FK420796.1|FK420796
EST:     CTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: CTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|207750982|gb|GD726153.1|GD726153
EST:     TTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: TTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208307881|gb|GE108427.1|GE108427
EST:     GGCCGGGC-AAATACAATGCTTCTATTGATTGTTT-GTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193309017|gb|FK275741.1|FK275741
EST:     CAAAATAC-ATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208087078|gb|GD882870.1|GD882870
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208108983|gb|GD908017.1|GD908017
EST:     CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAGGTGCAGAAGTTGA
genomic: CAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208198366|gb|GD995471.1|GD995471
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208099886|gb|GD897525.1|GD897525
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193604169|gb|FK558476.1|FK558476
EST:     ACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: ACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193534980|gb|FK493036.1|FK493036
EST:     GGCCGGGCAAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGC-AAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|208312763|gb|GE112533.1|GE112533
EST:     GGCCGGGCAAAACACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|207762580|gb|GD732125.1|GD732125
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
EST: gi|193380566|gb|FK349210.1|FK349210
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTG
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGG-TTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTG
EST: gi|208236538|gb|GE032936.1|GE032936
EST:     GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAA                         GATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCTGAAGTTGA
genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA
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genomic: GGCCGGGCAAAATACAATGCTTCTATTGATTGTTTGGTTTGGAAgtaagtgtct ... ttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattatagtagacttgccattctaatatctattggttcttttccgttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGAACTTATTTCCACAATAACAGAAAAGAAATCTTGGACTAGACCACCAATT
                   ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                   ttcttttccgttat  putative PPT
                  attctaatatctatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cacccctcactattttccatttatactctagtttttagtgtttttcattatagtagacttgccattctaatatctattggttcttttccgttatatccagGATTAGAAAATTCCCTGGGCAGACTGAGTCAACCTTAAGTGCAGAAGTTGAACTTATTTCCACAATAACAGAAAAGAAATCTTGGACTAGACCACCAATT

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